多糖中羧基质子化后的MD拓扑文件如何快速获取

nku_linz

用leap构建含糖醛酸多糖序列后，采用glycam力场在GMX跑了MD，想比较质子化和去质子化下MD的情况，但glycam力场中没有提供质子化糖醛酸拓扑，因为是大分子采用其他方式产生参数似乎比较耗时，请问该如何优雅获得？

在glycam官网看到有相关提问，采取了以下操作，但未能成功

glycam力场中的葡萄糖醛酸残基是去质子化的，想构建1，3连接的质子化的葡萄糖醛酸残基，从https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28603292/中下载到末端连接的质子化葡萄糖醛酸残基的.prep文件，同时从glycam官网找到frcmod文件，接着在Amber的leap中构建一个1，3连接的葡萄糖醛酸与葡萄糖二糖单元

> source leaprc.GLYCAM_06j-1
> loadamberparams frcmod.glycam06_intraring_doublebond_protonatedacids
> loadamberprep 45B.prep   #末端链接的质子化葡萄糖醛酸残基的.prep文件
> m = sequence { ROH 45B }
> remove m.2 m.2.H3O  #去掉3号位置的氢
> set m.2.O3 charge -0.471  #根据规则调整三号氧原子电荷
> set m tail m.2.O3  #3号位置与葡萄糖残基连接
> m = sequence { m 0GB }  
> savepdb m m.pdb
Writing pdb file: m.pdb
> check m
Checking 'm'....
Checking parameters for unit 'm'.
Checking for bond parameters.
Checking for angle parameters.

Error: Could not find angle parameter: Cg - Oh - Cg   

Warning: There are missing parameters.


程序报缺了Cg - Oh - Cg这个角参数

发现Oh为羟基的氧原子，两糖残基形成二糖单元似乎不可能有这个角存在，推测是这种做法没有改变原子类型。直接手动修改3号O的原子类型，报错消失，可成功生成拓扑。

请问将这种方法产生的拓扑转到GMX格式使用合不合理？