求助：如何获取具分枝结构的较大分子的RESP电荷

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2024-1-20 20:26:17

本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2024-1-20 20:26 编辑

我想用Gromacs模拟一种有机分子，其具有两个相同分枝（-COO-R，-COO-代表羧酸酯键，R代表脂肪链），总原子数120个，结构示意图如下：

R-OOC←核心→COO-R

写拓扑时候需要计算该分子的RESP电荷。我试着用Gaussian优化其结构（B3LYP/6-31G*），发现进行不下去，猜测是不是原子数太多了。目前想到的折中办法是把分枝和核心结构切开，分别去计算RESP电荷，如此带来的问题是：①该方案是否可行；②切开后的两种片段各自的净电荷该如何设置；③切口处用什么基团补齐比较合适？恳请各路大佬指点迷津。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-20 22:33:23

像样的机子下，120原子用B3LYP/6-31G*优化是小儿科。这都跑不了，要么缺乏Gaussian基本使用常识，胡算瞎算或者不懂得监控，要么就是机子太烂，换个像样的机子

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[综合交流] 求助：如何获取具分枝结构的较大分子的RESP电荷