[已解决]求助，gromacs进行grompp计算，出现"Atomtype hc not found"报错

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-27 16:17:50

本帖最后由 Tanghaoru 于 2024-1-29 16:53 编辑

各位老师好！初学gromacs使用grompp，将文件整合为tpr文件。gromacs报错MIBK.itp文件中的第十六行“Atomtype hc not found”。请问这种情况该如何解决，具体如何操作可以解决。十分感谢！MIBK.itp文件是使用sob老师的Sobtop程序并参考sob老师的方法“http://sobereva.com/635”得到的。

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-27 16:26:09

此外，给盒子的力场为oplsaa力场

UTM · 发表于 Post on 2024-1-27 22:01:56

拓扑文件里没有“hc”这种氢原子的定义，建议检查一下itp文件。

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-27 22:22:30

UTM 发表于 2024-1-27 22:01
拓扑文件里没有“hc”这种氢原子的定义，建议检查一下itp文件。

好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定义的原子删去，就没报错了

UTM · 发表于 Post on 2024-1-27 22:53:03

Tanghaoru 发表于 2024-1-27 22:22
好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定 ...

不客气

牧生 · 发表于 Post on 2024-1-28 06:51:00

opls和gaff不兼容的。你应该统一用gaff+amber力场。

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-28 11:47:28

牧生发表于 2024-1-28 06:51
opls和gaff不兼容的。你应该统一用gaff+amber力场。

好的十分感谢提醒！

jwmera · 发表于 Post on 2024-4-22 16:52:58

Tanghaoru 发表于 2024-1-27 22:22
好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定 ...

我也按照这个方法做的，但是还是报错，Atomtype 1 not found，和你用的一样的力场，不知道咋回事

Liota · 发表于 Post on 2024-5-14 22:18:31

jwmera 发表于 2024-4-22 16:52
我也按照这个方法做的，但是还是报错，Atomtype 1 not found，和你用的一样的力场，不知道咋回事

你的atom type中没有这个原子，自己添加进去参数，或者把这个原子改名字，如果是普通氢的话

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[GROMACS] [已解决]求助，gromacs进行grompp计算，出现"Atomtype hc not found"报错

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