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[其它程序] 请教高手,微扰密度泛函方法(DFPT)计算声子谱,phonopy得不到band.yaml文件,咋办

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本帖最后由 wmg166 于 2024-2-1 19:21 编辑

Pt 和 Ti 的化合物,2 2 2 扩胞后这样:
generated by phonopy
   1.0
    10.1501998901999997    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000   17.3822002409999996    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   20.9001998901999997
Pt Ti
128   96  
POSCAR-unitcell如附图1。VASP结合Phonopy计算子谱,微扰密度泛函方法(DFPT),计算结束后运行phonopy --fc vasprun.xml得到FORCE_CONSTANTS文件,准备band.conf文件,如附图2,
运行phonopy --dim 2 2 2 -c POSCAR-unitcell band.conf得不到band.yaml文件。现提示:
"band.conf" was read as phonopy configuration file.
Crystal structure was read from "POSCAR-unitcell".
Unit of length: angstrom
Band structure mode
Settings:
  Force constants symmetrization: on
  Supercell: [2 2 2]
Spacegroup: Pbcm (57)
Use -v option to watch primitive cell, unit cell, and supercell structures.

Force constants are read from "FORCE_CONSTANTS".

Number of atoms in supercell (224) is not consistent with the matrix shape of
force constants (28, 28) read from FORCE_CONSTANTS.
Please carefully check DIM, FORCE_CONSTANTS, and POSCAR-unitcell.























QQ截图20240131104632.png (15.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

QQ截图20240131104632.png

图2.png (11.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2024-2-1 13:09:41 | 只看该作者 Only view this author
问题应该在这:
Number of atoms in supercell (224) is not consistent with the matrix shape of
force constants (28, 28) read from FORCE_CONSTANTS.

224原子做出来力常数的矩阵是(28,28),程序认为维度不匹配,但原因不明,到底是前后两次对称性识别的不一样还是计算流程出现问题暂时不好判断。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-1 19:18:27 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-2-1 13:09
问题应该在这:

224原子做出来力常数的矩阵是(28,28),程序认为维度不匹配,但原因不明,到底是前后两次 ...

计算过程应该没错,Log文件提示:
Degree of freedom:  18/ 18
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1    -0.353956298061E-01   -0.35396E-01   -0.21148E-02 76507   0.391E-01
RMM:   2    -0.341378790009E-01    0.12578E-02   -0.12596E-03 46744   0.166E-01    0.117E-01
RMM:   3    -0.349997938971E-01   -0.86191E-03   -0.36472E-03 66756   0.131E-01    0.268E-01
RMM:   4    -0.338741490041E-01    0.11256E-02   -0.14831E-03 55473   0.101E-01    0.539E-02
RMM:   5    -0.339155098934E-01   -0.41361E-04   -0.54067E-04 63896   0.523E-02    0.729E-02
RMM:   6    -0.338575129263E-01    0.57997E-04   -0.13108E-04 55897   0.328E-02    0.336E-02
RMM:   7    -0.338414852637E-01    0.16028E-04   -0.27214E-05 51368   0.174E-02    0.148E-02
RMM:   8    -0.338323703054E-01    0.91150E-05   -0.32378E-05 64122   0.125E-02    0.732E-03
RMM:   9    -0.338306850702E-01    0.16852E-05   -0.36758E-06 56699   0.523E-03    0.442E-03
RMM:  10    -0.338283559383E-01    0.23291E-05   -0.15780E-06 56855   0.397E-03    0.265E-03
RMM:  11    -0.338275219068E-01    0.83403E-06   -0.62293E-07 62076   0.202E-03    0.135E-03
RMM:  12    -0.338270200208E-01    0.50189E-06   -0.21477E-07 54079   0.134E-03    0.517E-04
RMM:  13    -0.338267865625E-01    0.23346E-06   -0.70327E-08 68040   0.593E-04    0.505E-04
RMM:  14    -0.338264659903E-01    0.32057E-06   -0.21780E-07 62124   0.314E-04    0.311E-04
RMM:  15    -0.338263374331E-01    0.12856E-06   -0.36478E-07 65957   0.242E-04    0.172E-04
RMM:  16    -0.338262736454E-01    0.63788E-07   -0.48133E-07 69957   0.182E-04    0.559E-05
force on displaced ion      25 direction 3 :  -0.700  -0.056  -4.384
Linear response finished

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发表于 Post on 2024-2-2 13:58:35 | 只看该作者 Only view this author
wmg166 发表于 2024-2-1 19:18
计算过程应该没错,Log文件提示:
Degree of freedom:  18/ 18
       N       E                      ...

如果没额外做固定,有可能两个程序对对称性的识别(尤其是声子计算等价的原子)判断不一致,但具体我很难说,实在不行给phonopy发邮件看看。
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发表于 Post on 2024-2-2 17:24:25 | 只看该作者 Only view this author
运行命令错了吧?phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell band.conf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-14 15:05:08 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2024-2-2 17:24
运行命令错了吧?phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell band.conf

https://zhuanlan.zhihu.com/p/481680637

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