计算d带中心的时候，应该选取哪些原子作为研究的对象？

akun

请问一下各位老师，计算d 带中心的时候，应该选取哪些原子作为研究的对象？
比如，建立了一个四乘四乘四的Ni (111) 表面，结构优化完之后计算态密度，算完之后用 vaspkit 计算 d 带中心的值，后面会出现与固定 POSCAR 时的提示，要我按照元素或者层数固定所建立的模型，
首先，我按照固定最上面两层计算出来一个d带中心的值，然后我按元素固定，又计算出来一个d带中心的值，两个值不一样。
请问各位老师，究竟该按照哪一种情况去选取d带中心的值？还是说有另外的选取标准？
图片当中的 d 带中心的值是怎么计算的呢？文献链接 ： https://doi.org/10.1021/acscatal.1c01299

sobereva

要算的是实际发生反应/吸附的原子的d带中心，其它的原子不应当纳入考虑。例如北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我讲d带中心概念和CP2K+Multiwfn计算d带中心的时候给了下面的文献例子，可见即便都是Pt晶面的表层，CO吸附到不同位置上，要算的原子、对应的d带中心都不一样。仅当表面的原子都是等价的时候，才适合拿表面全部一层原子计算d带中心。Multiwfn计算d带中心时可以灵活定义片段，可以直接输入具体的原子序号。

akun

sobereva 发表于 2024-2-21 15:54
要算的是实际发生反应/吸附的原子的d带中心，其它的原子不应当纳入考虑。例如北京科音CP2K第一性原理计算培 ...

谢谢sob老师细致的回复，学生再理解理解

卡开发发

akun 发表于 2024-2-22 14:15
谢谢sob老师细致的回复，学生再理解理解

Norskov的文章其实有提到过不同位点和合金的情况。只看一个原子其实是不合适的，因为尤其对于金属表面而言很可能多个位点都会同时对吸附分子产生作用。

sobereva

卡开发发 发表于 2024-2-22 14:33
Norskov的文章其实有提到过不同位点和合金的情况。只看一个原子其实是不合适的，因为尤其对于金属表面而 ...

前面我的意思是指根据位点“类型”区分，某一类吸附位点的所有原子一起纳入d带中心的计算，一类吸附位点涉及的原子可能并不完全等价，此时和只考虑其中一个原子不同，比只考虑一个原子有意义得多。如果不确切区分类型，或者根本没法区分，那就表层所有可能吸附的原子一起考虑。

akun

sobereva 发表于 2024-2-22 19:33
前面我的意思是指根据位点“类型”区分，某一类吸附位点的所有原子一起纳入d带中心的计算，一类吸附位点 ...

请问sob老师，前面我提到了我所建立的模型是一个四层结构，优化时我固定下面两层，上面两层保持弛豫，我是打算算一下不吸附分子时的表面的 d 带中心，这个时候我应该（1）是像结构优化时一样选取最上面两层计算d 带中心，（2）还是只取最上面一层去算d 带中心，因为吸附质是吸附在最上面一层原子上的。
我其实是想探究在原来的表面上掺杂新的金属后，新的表面的d 带中心更靠近费米能级，更有利于吸附质的吸附，就像我之前提到的那篇文章中的图一样，请问sob老师我这样想是否可行呢？

akun

卡开发发 发表于 2024-2-22 14:33
Norskov的文章其实有提到过不同位点和合金的情况。只看一个原子其实是不合适的，因为尤其对于金属表面而 ...

谢谢卡老师的回复，学生还没有读过Norskov的这些文章，下来读读

sobereva

akun 发表于 2024-2-22 21:03
请问sob老师，前面我提到了我所建立的模型是一个四层结构，优化时我固定下面两层，上面两层保持弛豫，我 ...

如果有多种吸附方式的可能，就只把吸附可能牵扯到的那些原子用于计算d带中心，不可能牵扯吸附的不考虑。如果表面上本来所有原子都是等价的，那就第一层一起算

卡开发发

sobereva 发表于 2024-2-22 19:33
前面我的意思是指根据位点“类型”区分，某一类吸附位点的所有原子一起纳入d带中心的计算，一类吸附位点 ...

严格说，表面与吸附分子应该是表面各个原子都存在贡献，只是因为这种贡献会随着不同原子与吸附分子重叠差异而不同。

akun

sobereva 发表于 2024-2-22 21:40
如果有多种吸附方式的可能，就只把吸附可能牵扯到的那些原子用于计算d带中心，不可能牵扯吸附的不考虑。 ...

谢谢sob老师指导，我再重新计算下