好奇400~500原子体系做AIMD的可行性

哒哒哒哒w · 发表于 Post on 2024-3-15 10:58:09

我是做熔盐的，想配合实验的体系做一个分子动力学，大概400多个原子，其中有80个第六周期的过渡金属，想问下大家这个用CP2K、VASP、DMol一类的软件做AIMD是否可行，大概需要的算力资源和耗时有多少呢？如果用DFTB方法呢？如果都不行是不是要考虑自己拟合势函数了

乐平 · 发表于 Post on 2024-3-15 11:19:53

你需要明确跑动力学的目的是什么？

如果体系不涉及到反应（比如旧化学键的断裂，新化学键的生成），那么，你不需要跑 AIMD，用经典动力学就行。这时候，即使上千个原子的体系都不是问题。用 GPU 跑个 ns 时间尺度也就三四天左右甚至更短。

如果涉及到化学键的断裂和生成，那就最好用 AIMD（虽然经典动力学也有反应型力场，但是往往对体系的针对性很强，不一定适合你的体系）。CP2K 适合跑大体系的 AIMD。当然，VASP 6.4 以上的版本也能用机器学习力场来加速 AIMD 的计算速度，速度也还可以接受。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-15 11:20:20

CP2K用纯泛函跑这个毫无压力，普通双路服务器就能跑几十乃至上百ps。
VASP就算了

哒哒哒哒w · 发表于 Post on 2024-3-15 12:53:57

乐平发表于 2024-3-15 11:19
你需要明确跑动力学的目的是什么？

如果体系不涉及到反应（比如旧化学键的断裂，新化学键的生成），那么 ...

主要是计算一些，扩散系数、电导率一类的物性参数，看文献中都是用AIMD算，只是文献中没有这么大的体系也不涉及过渡金属，我希望算出来的数准确一些但又担心AIMD算不动，听您的建议我先用lammps算一下，谢谢!

哒哒哒哒w · 发表于 Post on 2024-3-15 12:54:32

sobereva 发表于 2024-3-15 11:20
CP2K用纯泛函跑这个毫无压力，普通双路服务器就能跑几十乃至上百ps。
VASP就算了

感谢sob老师，那我学习一下CP2K的使用

Markmahao · 发表于 Post on 2024-6-11 23:19:14

sobereva 发表于 2024-3-15 11:20
CP2K用纯泛函跑这个毫无压力，普通双路服务器就能跑几十乃至上百ps。
VASP就算了

Sob老师，我一直对这个速度没概念。假如500个原子，7R32双路理论上纯泛函一天大约跑多少ps?

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-12 02:55:59

Markmahao 发表于 2024-6-11 23:19
Sob老师，我一直对这个速度没概念。假如500个原子，7R32双路理论上纯泛函一天大约跑多少ps?

不好一概而论。看具体CUTOFF、盒子尺寸、SCF收敛顺利与否、泛函和基组等设置
对于纯泛函结合DZVP-MOLOPT-SR-GTH，AIMD一步在几秒到10秒之间比较正常

Markmahao · 发表于 Post on 2024-6-12 10:16:44

sobereva 发表于 2024-6-12 02:55
不好一概而论。看具体CUTOFF、盒子尺寸、SCF收敛顺利与否、泛函和基组等设置
对于纯泛函结合DZVP-MOLOPT ...

谢谢sob老师，那PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH 有一半原子是过渡金属，似乎scf比较难，AIMD一步要80s左右，应该也还算凑合？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-12 12:24:47

Markmahao 发表于 2024-6-12 10:16
谢谢sob老师，那PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH 有一半原子是过渡金属，似乎scf比较难，AIMD一步要80s左右，应该 ...

看后期。有可能跑几百步之后SCF就容易收敛了。如果到中、后期每一步还耗时这么高的话，那比较费劲。想办法适当修改关键词让每一步耗时至少降到小几十秒以内

Markmahao · 发表于 Post on 2024-6-12 13:45:49

sobereva 发表于 2024-6-12 12:24
看后期。有可能跑几百步之后SCF就容易收敛了。如果到中、后期每一步还耗时这么高的话，那比较费劲。想办 ...

好的，谢谢sob老师指点

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