求助：用gromacs跑完npt平衡后生成的npt.gro文件中的RNA链在VMD中显示断裂

LHQ · 发表于 Post on 2024-3-22 18:04:15

本帖最后由 LHQ 于 2024-3-22 18:04 编辑

老师，您好我是才进组的小白，我在使用amber14sb力场跑完从RCSB下载下来的蛋白质体系的NPT平衡后，在VMD中显示蛋白质体系中的RNA链时，发现RNA双链中的一条链显示断裂，请问一下这可能是什么原因造成的？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-22 18:52:23

或许只是两个原子之间的距离恰好超过了VMD判断成键的范围（http://sobereva.com/534），持续模拟一段时间看看是不是真的断开
如果确实是两个原子没有成键，就要检查拓扑文件中的成键关系

LHQ · 发表于 Post on 2024-3-22 19:40:30

Seyilaxa 发表于 2024-3-22 18:52
或许只是两个原子之间的距离恰好超过了VMD判断成键的范围（http://sobereva.com/534），持续模拟一段时间看 ...

好的，谢谢老师

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[GROMACS] 求助：用gromacs跑完npt平衡后生成的npt.gro文件中的RNA链在VMD中显示断裂