吸附能应该以单胞的结果还是超胞上的为准？

lwj · 发表于 Post on 2016-11-8 09:21:12

我用MS中的DMol3做Co3O4（001）表面吸附CO2，先在一个晶胞表面吸附CO2，由于放置位置和显示模型的问题，认为没吸附上，又做了2*2的超胞模拟吸附，后来看了版主的文章（显示存在明显的距离），比较了分子自于表面的距离，知道已经吸附在表面了，计算了表面能，发现一个晶胞上吸附能为+0.748eV，而超胞上吸附能为-4eV。这是由于吸附浓度对吸附能的影响，一个晶胞上吸附一个分子过饱和了，所以吸附能为正，那么计算吸附能时，应该以多大的晶胞吸附一个分子计算结果为准呢？请老师指点一下，我应该以多大晶胞计算吸附能为准，还是继续增大晶胞到吸附能收敛，得到干净表面的吸附能。

lc00 · 发表于 Post on 2016-11-8 09:36:58

表面吸附的计算，选取的表面肯定不能太小，不然不能完全代表活性位点。选取太大的话，因为吸附本身就比较耗资源，计算比较困难。表面选取的大小，一般根据文献和自己的计算能力来定。

lc00 · 发表于 Post on 2016-11-8 09:42:34

根据我看的文献，就算使用不同大小的表面模型，小簇或者大的slab模型，吸附能也不会有这么大的差距。只能等大神来解释了。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-8 09:44:37

lc00 发表于 2016-11-8 09:36
表面吸附的计算，选取的表面肯定不能太小，不然不能完全代表活性位点。选取太大的话，因为吸附本身就比较耗 ...

谢谢，我看有的文献就直接用一个晶胞做吸附，所以最开始就用的一个

lwj · 发表于 Post on 2016-11-8 09:56:10

lc00 发表于 2016-11-8 09:42
根据我看的文献，就算使用不同大小的表面模型，小簇或者大的slab模型，吸附能也不会有这么大的差距。只能等 ...

您这么说提醒了我，我再对能量用更大的K点试试，看是不是体系能量偏的太远。谢谢您了

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-8 11:05:52

lwj 发表于 2016-11-8 09:56
您这么说提醒了我，我再对能量用更大的K点试试，看是不是体系能量偏的太远。谢谢您了

Co3O4（001）吸附CO2的话，我估计单胞的晶格尺寸应该已经足够了。

吸附能算出来是正的话，建议你不妨检查计算参数问题。吸附物和载体的截断半径设置的值、smearing不合理之类的都可能导致吸附能算出来是正的。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-8 14:37:18

卡开发发发表于 2016-11-8 11:05
Co3O4（001）吸附CO2的话，我估计单胞的晶格尺寸应该已经足够了。

吸附能算出来是正的话，建议你不妨 ...

谢谢您，我检查了一下参数，吸附能为正的可能是因为按文献去真空层为13，后面再算一个单胞的25A真空层试试。谢谢。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-12 17:36:51

卡开发发发表于 2016-11-8 11:05
Co3O4（001）吸附CO2的话，我估计单胞的晶格尺寸应该已经足够了。

吸附能算出来是正的话，建议你不妨 ...

老师，您好，我用MS8.0 DMol3，请问模拟表面吸附带电阴离子如何设置电荷？是modify-charge还是设置磁矩的那栏的formal charge？还是计算里边设置？谢谢您。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-12 20:24:39

lwj 发表于 2016-11-12 17:36
老师，您好，我用MS8.0 DMol3，请问模拟表面吸附带电阴离子如何设置电荷？是modify-charge还是设置磁矩的 ...

DMol3 Calculation->charge，不过外加电荷始终要进行修正，否则即便进行超胞外推吸附能也没法收敛。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-12 20:30:52

卡开发发发表于 2016-11-12 20:24
DMol3 Calculation->charge，不过外加电荷始终要进行修正，否则即便进行超胞外推吸附能也没法收敛。

谢谢您了。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-15 14:28:50

卡开发发发表于 2016-11-12 20:24
DMol3 Calculation->charge，不过外加电荷始终要进行修正，否则即便进行超胞外推吸附能也没法收敛。

老师，您好，我测试真空层厚度，增加真空层厚度，在厚度取30A时，同样垂直表面的初始结构，优化后由直立变成了斜着的（25A及以下优化后直立），吸附能比25A增加70%多，是不是之前的真空层不够，受另一层的作用才形成直立吸附？另外请问，我用DMol3，后续还有要计算TS，真空层取到多大之后就最好就不再加了？

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-15 17:11:48

lwj 发表于 2016-11-15 14:28
老师，您好，我测试真空层厚度，增加真空层厚度，在厚度取30A时，同样垂直表面的初始结构，优化后由直立 ...

你的分子尺寸多大？

lwj · 发表于 Post on 2016-11-15 17:33:12

卡开发发发表于 2016-11-15 17:11
你的分子尺寸多大？

CO2，C-O键长1.17A，大概3.5A吧

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-15 18:44:30

本帖最后由卡开发发于 2016-11-15 18:45 编辑

lwj 发表于 2016-11-15 17:33
CO2，C-O键长1.17A，大概3.5A吧

按说差别不应该这么大，要么是两次的计算参数或者初始结构导致的，25A对于这种小分子其实很充分了，即便有偶极修正的问题，能量计算的误差也不会这么大。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-15 20:22:52

卡开发发发表于 2016-11-15 18:44
按说差别不应该这么大，要么是两次的计算参数或者初始结构导致的，25A对于这种小分子其实很充分了，即便 ...

我刚算了一个28A的，相同的添加分子方式，优化后接近躺着吸附，斜得比较厉害，吸附能与30A比较接近，但是更高，正在算35A的，现在比较纠结如何确定真空层厚度，原本以为增加之后能量能收敛，但实际能量呈增大的趋势，表面能有一个反常，已经检查过参数，还未发现问题，看来很多东西的在检查一下。

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