模拟蛋白酶与小分子底物时Position restraint必须添加吗？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-4-1 15:31:36

如题所示，模拟蛋白酶与小分子底物时Position restraint必须添加吗？如果想观察底物和蛋白酶活性口袋之间的动态行为应该怎么设置Position restraint呢?

Huschein · 发表于 Post on 2024-4-1 16:41:19

MIN NVT NPT的时候设置restriction就行了，MD的时候放开跑就行，参数一般默认就行，貌似默认就是500 还是1000，已经很足够了

YuniJ · 发表于 Post on 2024-4-1 20:09:48

Huschein 发表于 2024-4-1 16:41
MIN NVT NPT的时候设置restriction就行了，MD的时候放开跑就行，参数一般默认就行，貌似默认就是500 还是10 ...

好的谢谢您

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[GROMACS] 模拟蛋白酶与小分子底物时Position restraint必须添加吗？