求助-DNA错配模型进行能量最小化时结构散架

zhouchen

大家好，我们想对5’-CGCGAAACGCG-3‘，中间含有3个错配的A - A碱基对的模型，利用gromacs进行MD计算，但是发现，由于错配A-A碱基对之间没有氢键的存在（还是因为别的原因），在进行能量最小化时，整个DNA结构会散架扭曲，请问各位有没有什么好办法解决。

喵星大佬

你有非错配堆在一起的证据吗？
这么短的序列用NMR算结构并不复杂，如果有Watson-Crick配对信号很明显的

zhouchen

喵星大佬 发表于 2024-4-10 16:38
你有非错配堆在一起的证据吗？
这么短的序列用NMR算结构并不复杂，如果有Watson-Crick配对信号很明显的

我们是想重复一下文献（http://dx.doi.org/10.1038/nchem.2480），文献中说他们将2个小分子特异性插入到一个定制设计的11个碱基( bp )的DNA分子( 5′- CGCGAAACGCG-3′)中，中间含有3个错配的A - A碱基对，制备了DNA -甲氧檗因复合物。我们现在先不加小分子，进行MD计算。