蛋白-蛋白体系跑完MD后，如何分析得到相互作用位点，结合自由能等相关信息？

mtpeng

两蛋白体系跑MD,MD的初始结构是由分子对接的top构象，想在跑完MD后进行相互作用分析，目前想跟各位老师请教如下问题:
1.计算结合自由能。跑300ns是否足够，还是需要加大时间尺度甚至达到μs级别? 通过gmx_MMPBSA计算结合自由能时，参与计算的轨迹该如何选取, 最后10ps, 100ps, 1000ps?
2. 相互作用位点分析。可以通过gromacs的那些功能或者其他分析工具明确分析发生相互作用的位点，尽可能的得到更多的细节信息

rpestana94

1. About the time of simulation, depends of the systems, but you can check stability of the system using RMSD and visually check how is the behavior of the system. Although I will recommend to do at least 500 ns.

Using gmx_MMPBSA you can define the frames to be consider in the calculation using startframe and endframe variables.

2. About the interaction sites maybe you can try with ProLIF which is a python library to do this kind of analysis.

sobereva

1 取决于蛋白二聚体的特征。比如二聚体呈现显著的刚性，那么只取达到平衡后的一小段轨迹跑出来的平均相互作用能就已经准确了，此时再进一步延长也不会使得时间平均的结果有显著变化。反之，如果两个蛋白结合后会出现显著又很缓慢的构象变化，300ns都可能未必达到真正平衡，就更别提算准结合自由能了。具体是什么情况，可利用RMSD曲线等方式判断二聚体结构动力学特征。

2 gmx hbond考察蛋白质之间氢键、VMD的盐桥插件考察蛋白质之间的盐桥、gmx pairdist和mindist考察接触距离，等等

mtpeng

好的，十分感谢各位老师的指导