如何评价amber24的新特性？

z9527567 · 发表于 Post on 2024-5-2 12:17:29

感觉没有很亮眼的功能。

yejustme · 发表于 Post on 2024-10-22 13:21:20

quick支持gpu了，算不算亮眼的新特性

k64_cc · 发表于 Post on 2024-10-22 13:25:11

本帖最后由 k64_cc 于 2024-10-22 13:27 编辑

FEP的全流程从Darrin York自行维护的仓库整个合并到主仓库去了，这意味着买了Amber的人都能得到一个质量只比收费方案差一点的计算方案（甚至不少商业化供应商后台跑的也就是这套方案

QUICK从四五年前的性价比超低（单卡P100和高斯24c速度相当），逐渐发展到现在确实提高了效率的程度，提升也颇为明显。

Serious · 发表于 Post on 2024-10-23 10:08:05

k64_cc 发表于 2024-10-22 13:25
FEP的全流程从Darrin York自行维护的仓库整个合并到主仓库去了，这意味着买了Amber的人都能得到一个质量只 ...

请教下“收费方案”是怎么样子的，挺好奇hh

牧生 · 发表于 Post on 2024-10-23 11:06:54

Serious 发表于 2024-10-23 10:08
请教下“收费方案”是怎么样子的，挺好奇hh

官网有说明的哦，学术免费，商用收费

k64_cc · 发表于 Post on 2024-10-23 16:19:52

Serious 发表于 2024-10-23 10:08
请教下“收费方案”是怎么样子的，挺好奇hh

FEP+不就是收费方案嘛，还有其他一系列算FEP的公司提供的软件/服务，都不是学术免费的。Amber可以认为是学术免费的FEP计算工具里唯一一个相对可靠的。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 4 day ago

k64_cc 发表于 2024-10-22 13:25
FEP的全流程从Darrin York自行维护的仓库整个合并到主仓库去了，这意味着买了Amber的人都能得到一个质量只 ...

这个方案可以用来跑多肽的Absolute solvation free energy吗？尤其是他那个H-REMD交换的部分？

k64_cc · 发表于 Post on 4 day ago

对抗路达摩发表于 2024-11-19 11:18
这个方案可以用来跑多肽的Absolute solvation free energy吗？尤其是他那个H-REMD交换的部分？

可以啊，技术上都可以，流程上得自己研究一下，把小分子assign力场的那步换成tleap就行。

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