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[GROMACS] linux系统安装gromacs时到make install一步时报错

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本人为linux小白,ubuntu系统是最近才安装的新系统,正按照sob老师的博文http://sobereva.com/457安装gromacs,先前的步骤都严格执行的情况下,在
红框圈出来的一步(make install -j)中发生错误,错误结果如下图 ,尝试将-j去了也一样,前面步骤除了将/sob改为我自己的目录名/root外都严格执行,像求助一下如何解决
The end.

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发表于 Post on 2024-5-3 20:07:31 | 只看该作者 Only view this author
说明gromacs版本、操作系统版本。操作系统自带的gcc太老会导致不兼容
Ubuntu的情况我不清楚,我也反感Ubuntu,CentOS 7、8编译2018.8不会有问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-3 21:30:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 20:07
说明gromacs版本、操作系统版本。操作系统自带的gcc太老会导致不兼容
Ubuntu的情况我不清楚,我也反感Ubun ...

系统版本为ubuntu22,gromacs版本为2018.8
The end.

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发表于 Post on 2024-5-3 23:52:56 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-5-3 21:30
系统版本为ubuntu22,gromacs版本为2018.8

尝试编译gmx更新的版本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-4 02:32:53 | 只看该作者 Only view this author
ubuntu22的自带gcc11编不过gmx2018,而且为啥要用那么古老的版本。。。。要稳定版推荐2021.7,gcc11可以编出来,一定要用18的话ubuntu退回20用gcc9可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-4 11:58:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 23:52
尝试编译gmx更新的版本

@喵星大佬 感谢两位老师 我去试试
The end.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-4 12:51:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 23:52
尝试编译gmx更新的版本

@喵星大佬 还有追问一下两位老师,哪个版本的gromacsGPU加速性能最好,想装个计算速度比较快的版本的gromacs
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发表于 Post on 2024-5-4 17:07:47 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-5-4 12:51
@喵星大佬 还有追问一下两位老师,哪个版本的gromacsGPU加速性能最好,想装个计算速度比较快的版本的grom ...

2023目前的最新版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-4 17:13:28 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-5-4 12:51
@喵星大佬 还有追问一下两位老师,哪个版本的gromacsGPU加速性能最好,想装个计算速度比较快的版本的grom ...

对于NV的GPU,2021以后在相同设置下几乎没有区别,22版本之后引入的一堆bug不知道修的咋样了,所以如果不用新功能就21.7,对于非NV的GPU,必须2023以后的版本,目前可以用2023.5或2024.1

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sobereva 发表于 2024-5-4 17:07
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@喵星大佬 感谢两位老师
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