怎样写cationic dummy model的金属离子输入文件

qczgzly

　　看到用Cationic dummy model处理金属离子可以模拟金属离子在水溶液中配位的情况。文献中例如J. Phys. Chem. L 2015, 6, 2657-2662给出了Gromacs内OPLS/AA力场的参数

以及J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3250-3260给出的Amber输入文件

请教大家如何将这两者之一转换成Gromacs内Amber03力场格式下的.gro和.itp文件？ 谢谢~目前尝试过用tleap处理第二种情况，然而有报错。文献中也说需要先建立其它文件再处理给出的这两个文件，因为不熟悉Amber，所以难以进行了。第一种情况因为不熟悉不同力场中参数的格式、单位，也感觉很棘手。

fantasticqhl

你好! 第一篇是我们的工作! 你给我一个邮箱把, 我可以把相关的gro与itp文件发给你, 这样你就可以直接用Gromacs跑了!
而你也可以以此为参照, 把Mg2+的模型的Amber参数改为Gromacs了.

另外我现在也在用Amber做一些相关的工作, 如果你需要用到第二篇的模型, 我也可以给与一定的帮助!

qczgzly

fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32
你好! 第一篇是我们的工作! 你给我一个邮箱把, 我可以把相关的gro与itp文件发给你, 这样你就可以直接用Grom ...

非常感谢！我把邮箱通过消息发给你了~论坛里果然高手云集呐。

tianflame

fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32
你好! 第一篇是我们的工作! 你给我一个邮箱把, 我可以把相关的gro与itp文件发给你, 这样你就可以直接用Grom ...

您好！我是分子模拟的初学者，看到了您在论坛里关于锌离子的Cationic dummy model的工作，我最近在尝试用gromacs处理一个含锌离子的蛋白，如果方便的话，能否请您将相关的gro与itp文件发给我？非常感谢您的帮助！

fantasticqhl

tianflame 发表于 2017-4-17 09:58
您好！我是分子模拟的初学者，看到了您在论坛里关于锌离子的Cationic dummy model的工作，我最近在尝试用 ...

你好，你把你的邮箱地址发给我吧，短消息也行， 我再发给你！

wwj

fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32
你好! 第一篇是我们的工作! 你给我一个邮箱把, 我可以把相关的gro与itp文件发给你, 这样你就可以直接用Grom ...

您好！我最近想用opls力场建立锌离子的cationic dummy model，但也是看着文献中的一些参数却想不通如何建立相关的itp文件，如果可以的话，希望能发我一份你们的itp文件，让我参考一下，谢谢！

wmy1217

qczgzly 发表于 2016-11-28 16:29
非常感谢！我把邮箱通过消息发给你了~论坛里果然高手云集呐。

你好，最近也遇到了相同的问题，不会转化gromacs所需的文件。请问当时关于这篇帖子的金属虚拟原子模型的itp以及gro文件您还有保存吗，有的话可以发我一份吗？不胜感激

yolo-bike

tianflame 发表于 2017-4-17 09:58
您好！我是分子模拟的初学者，看到了您在论坛里关于锌离子的Cationic dummy model的工作，我最近在尝试用 ...

您好，我目前也是关于含锌蛋白的模拟，参数文件这里遇到一些问题，可以留个联系方式请教一下吗

yolo-bike

wmy1217 发表于 2023-4-18 14:29
你好，最近也遇到了相同的问题，不会转化gromacs所需的文件。请问当时关于这篇帖子的金属虚拟原子模型的i ...

您好，我目前也是关于含锌蛋白的模拟，参数文件这里遇到一些问题，可以留个联系方式请教一下吗