求助如何在蛋白-配体模拟时引入金属离子？

cliff_toca · 发表于 Post on 2024-5-11 13:15:22

各位老师好！

我最近使用GROMACS进行了蛋白-配体的分子动力学模拟，由于受体蛋白本身能够被锌离子抑制，有个审稿人问在我的蛋白-配体体系中添加锌离子进行模拟的结果会怎样？

我没有找到相关的文献或者参考资料（可能因为不知道该用什么关键词进行检索。。。），想请教各位老师：这种情况下我是应该在填充溶剂那一步添加锌离子，还是应该把锌离子添加到我的配体文件中呢？我需要在体系中添加多少锌离子比较合适？

感恩！！

Huschein · 发表于 Post on 2024-5-11 16:27:02

你没把问题描述明白，你这个蛋白是活性区域含Zn还是说要你模拟在类似ZnCl2溶液中？第一个是在特定位置加Zn，一个是Zn溶液有很多Zn

至于参数，我想这是一大把的，你可以搜搜金属参数拟合的文献，实在不行我记得UFF有Zn吧？

cliff_toca · 发表于 Post on 2024-5-11 16:33:01

Huschein 发表于 2024-5-11 16:27
你没把问题描述明白，你这个蛋白是活性区域含Zn还是说要你模拟在类似ZnCl2溶液中？第一个是在特定位置加Zn ...

感谢回复！！我其实也没有很明白。。审稿人的原话是“I would also suggest that the authors try to add zinc ion (zinc complex with their best candidate compounds) in their models and see how this affects results.”我理解似乎是活性区域含Zn？如果要在特定位置加Zn的话，有没有相关参考资料呢~

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-12 03:32:58

cliff_toca 发表于 2024-5-11 16:33
感谢回复！！我其实也没有很明白。。审稿人的原话是“I would also suggest that the authors try to ad ...

alphafold 3在线服务器可以直接给你预测出蛋白质结合各种金属离子的结构，可以以此为初始结构跑MD

cliff_toca · 发表于 Post on 2024-5-13 16:56:21

sobereva 发表于 2024-5-12 03:32
alphafold 3在线服务器可以直接给你预测出蛋白质结合各种金属离子的结构，可以以此为初始结构跑MD

收到，感谢！：）

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[GROMACS] 求助如何在蛋白-配体模拟时引入金属离子？