gmx pdb2gmx 生成的topol.top和gro文件原子数发生变化怎么办？

qyl · 发表于 Post on 2024-5-15 19:56:19

PDB文件与生成的top以及gro文件对不上，top和gro文件中的氨基和羧基进行了质子化加氢和脱氢，这该怎么解决？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-15 21:03:06

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-5-15 21:04 编辑

pdb2gmx默认生成中性状态下的残基，因此羧基和游离氨基等都是带电荷的
可以使用-inter选项指定每个特定残基的质子化状态；如果pdb文件中原本的氢原子是合理的，也可以不使用-ignh来严格根据pdb文件中的原子生成.gro

qyl · 发表于 Post on 2024-5-15 22:05:51

Seyilaxa 发表于 2024-5-15 21:03
pdb2gmx默认生成中性状态下的残基，因此羧基和游离氨基等都是带电荷的
可以使用-inter选项指定每个特定残 ...

我用-inter指定完后，仍然还有一个羧基质子化了，原本pdb中的分子含有两个游离的羧基和一个氨基

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-15 22:27:53

pdb2gmx直接给你产生的gro文件和拓扑文件是严格对应的
如果不符，肯定是其它操作导致的，每一步都仔细检查对应关系

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-15 23:04:58

qyl 发表于 2024-5-15 22:05
我用-inter指定完后，仍然还有一个羧基质子化了，原本pdb中的分子含有两个游离的羧基和一个氨基

用的是否是Amber力场？Amber力场似乎对于末端COOH没有质子化的封端方式，试一试换一个力场然后使用-ter选择封端方式或者自已补一个加了氢的.rtp文件

qyl · 发表于 Post on 2024-5-16 10:28:23

Seyilaxa 发表于 2024-5-15 23:04
用的是否是Amber力场？Amber力场似乎对于末端COOH没有质子化的封端方式，试一试换一个力场然后使用-ter选 ...

用的oplsaa立场，楼主补一个加氢的.rtp文件可以详细一点吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-16 11:46:01

qyl 发表于 2024-5-16 10:28
用的oplsaa立场，楼主补一个加氢的.rtp文件可以详细一点吗？

用的oplsaa力场就不用自己补rtp文件了，用-inter和-ter命令选择侧链和端位羧基的质子化状态就好

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[GROMACS] gmx pdb2gmx 生成的topol.top和gro文件原子数发生变化怎么办？