GROMACS模拟DNA适配体结果与验证试验结果不符

MYSY08 · 发表于 Post on 2024-5-16 16:30:03

我做的是DNA适配体，4条链是对一个DNA适配体碱基的裁剪或替换，做实验验证的时候，第2条链的结合效果最好，模拟结果也是第2条链的RMSD最平稳，但计算最后10ns的结合自由能，最低的总是第3或第1条链，请问各位大佬，是因为另外三条链50ns都还没有模拟到平衡的原因吗？

Huschein · 发表于 Post on 2024-5-16 21:45:57

1.结合自由能怎么算的
2.RMSD平稳又怎么了？结论是什么？

你的提问让人疑惑

MYSY08 · 发表于 Post on 2024-5-17 16:31:52

Huschein 发表于 2024-5-16 21:45
1.结合自由能怎么算的
2.RMSD平稳又怎么了？结论是什么？

你好！1.结合自由能使用的是gmx_mmpbsa程序，计算的是模拟过程中的最后10ns；
2.RMSD平稳不是在一定程度说明这种生物体系模拟达到平衡了吗？我们的实验结果是第二条链结合效果最好，但模拟结果计算出的自由结合能最低的是第三条链，想问问是不是因为另外三条链没有达到体系平衡即RMSD不稳定。谢谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-5-17 19:04:22

本帖最后由喵星大佬于 2024-5-17 19:08 编辑

隐式溶剂模型绝对不要拿来跑核酸，绝对是一坨
时间也太短了，哪怕增强采样做一个核酸-蛋白复合物的结合能总时长都要几百ns到us级才可能收敛
如果要用cMD跑构象系综至少us起
而且这一切的前提是你模拟设置正确

MYSY08 · 发表于 Post on 2024-5-19 17:33:01

本帖最后由 MYSY08 于 2024-5-19 17:36 编辑

喵星大佬发表于 2024-5-17 19:04
隐式溶剂模型绝对不要拿来跑核酸，绝对是一坨
时间也太短了，哪怕增强采样做一个核酸-蛋白复合物的结合能 ...

你好，我用的是显示溶剂模型（水模型力场TIP3P），在最后的复合物.pdb文件中水分子时可见的
与核酸适配体结合的配体是一个有机小分子（恩诺沙星），不是蛋白质，这个对MD的时间要求也是几百ns吗？

还有使用g_MMPBSA时计算的开始帧和结束帧一般为多少呢？
谢谢！

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