计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 428|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教金属蛋白酶-底物复合物体系模拟体系的构建与结合自由能计算为正的问题

[复制链接 Copy URL]

84

帖子

0

威望

257

eV
积分
341

Level 3 能力者

各位老师好,想就模拟金属酶-底物过程中发现的问题来请教一下大家。复合物为金属蛋白酶-底物的体系和PEG修饰的金属蛋白酶-底物体系。利用gromacs做蛋白-配体的分子动力学模拟,力场为AMBER14SB+GAFF。模拟了100ns,结束后抽帧最终为2000去计算配体-蛋白的结合自由能,方法是gmx_mmpbsa。

      1、关于模拟的初始复合物结构是怎么得到的问题,对于金属酶-底物复合物没有晶体结构,构建体系时,我是直接将底物放到酶的“活性口袋”附近构成了复合物体系,这种模拟的思路正确吗?还是必须先对接呢?
     2、对于金属酶结构中某些配体需要删除吗(如图所示)?ZN离子与两个配体EDO有虚拟配位键(虚线),模拟时可以把这些配体去掉吗?
     3、结果显示结合自由能为正,意味着底物-酶处于不利结合相互排斥的情况,在酶-底物这个体系中出现这个情况合理吗?计算一定是错的吗?结果如图,麻烦各位大佬赐教




202405211110036992..png (73.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

结合自由能计算结果

结合自由能计算结果

202405211109378185..png (331.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

金属蛋白酶部分结构示意图

金属蛋白酶部分结构示意图

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112359

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-21 15:31:26 | 只看该作者 Only view this author
1 一般建议做分子对接。自己摆任意性太强
2 看不清楚配体是哪个。影响结合的物质都不能随便去掉
3 如果实验上已知能结合,说明计算方式有问题,或者MMPBSA不适合当前情况,或者当前计算模型和实验缺乏可比性。当前MMPBSA基本上所有项都为正,第一种可能性最大。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

84

帖子

0

威望

257

eV
积分
341

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 15:47:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 YuniJ 于 2024-5-21 15:49 编辑
sobereva 发表于 2024-5-21 15:31
1 一般建议做分子对接。自己摆任意性太强
2 看不清楚配体是哪个。影响结合的物质都不能随便去掉
3 如果实 ...

非常感谢老师!
2、老师第二个中配体是叫EDO的,它与ZN和配位水分子中有虚线(如图所示)
3、请问老师如果是第一种可能性,我应该选用什么计算方法呢?

202405211549208278..png (269.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202405211549208278..png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112359

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-5-22 05:48:37 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-21 15:47
非常感谢老师!
2、老师第二个中配体是叫EDO的,它与ZN和配位水分子中有虚线(如图所示)
3、请问老师 ...

当前没显示出氢,都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面,确保当前的设定能合理描述配体-蛋白的相互作用。描述合理的话,由于静电吸引作用,至少不至于MMPBSA算出来的MM作用项为正
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

84

帖子

0

威望

257

eV
积分
341

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 10:07:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-22 05:48
当前没显示出氢,都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面,确保当前的设定能合理描述 ...

好的谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 19:18 , Processed in 0.195233 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list