利用gromacs模拟薄膜报错

天天121 · 发表于 Post on 2024-5-29 04:37:51

本帖最后由天天121 于 2024-5-29 04:39 编辑

想利用gromacs模拟一个薄膜（只含有一种A分子），并统计在这个薄膜中A分子二面角的分布（做成像文献里的图）。
我的操作是：1.建立一个空盒子，各边长10 nm,并放入40个A分子。
2.利用Sobtop得到gro,itp和top文件。
3.以0.1ps为步长，模拟了1000000步，每隔10000步（1ns）保存一次结构。0-600ps升温到600K。
但是程序报错了

（第一次用gromacs希望各位老师帮忙指出错误，谢谢大家！）

牧生 · 发表于 Post on 2024-5-29 06:50:10

看这里

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ

FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-29 07:41:35

itp文件也不提供，我都怀疑连原子电荷都没指定。用0.1ps步长完全是开玩笑。周期性体系静电作用的计算如今哪能用cut-off，普遍用的是PME。连控压也不用，根本得不到合理的密度。epsilon-r=4都不知道想干嘛，很不可思议的设置。哪有每隔1ns才保存一次轨迹的，总共才得到100帧，统计误差大了去了

强烈建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）正经系统性学学再做，否则在这样严重缺乏最基本常识的情况下瞎做完全是白浪费时间

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[GROMACS] 利用gromacs模拟薄膜报错

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