用vina进行对接，提示内存不足怎么解决

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-17 14:39:08

我在win的环境下计算两个蛋白的对接，提示内存不足，我应该怎么解决呢？

Serious · 发表于 Post on 2024-6-18 10:47:54

1）蛋白-蛋白对接应该用ZDOCK等工具，而不是vina；
2）可以试试AlphaFold3；

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-18 16:05:04

你好，我用Alphafold3进行分析的时候，因为我有一个蛋白是胶原，是一种三螺旋结构（有三条链），在ALP中怎么输入呢？（虽然三条链的组成一样，但之间存在相互作用，不建议拆开当成三个相同的单链处理）

Serious · 发表于 Post on 2024-6-19 17:06:15

Willow0114 发表于 2024-6-18 16:05
你好，我用Alphafold3进行分析的时候，因为我有一个蛋白是胶原，是一种三螺旋结构（有三条链），在ALP中怎 ...

1）输入三个Protein项即可，AF3会考虑预测蛋白-蛋白相互作用；

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-19 19:57:59

Serious 发表于 2024-6-19 17:06
1）输入三个Protein项即可，AF3会考虑预测蛋白-蛋白相互作用；

好的，感谢

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