求助分子动力学模拟时氢键数目统计

马天湉 · 发表于 Post on 2024-6-25 10:55:45

在做884个水分子动力学模拟时，统计体系中平均氢键数位1592.66个；水分子形成氢键数目为2*1592.66/884=3.6个；请问老师我在统计102个离子液体的阳离子和922个NMP溶剂分子间氢键数目时，阳离子和NMP溶剂分子间的平均氢键数是30.71，平均每个溶剂分子和阳离子间形成的氢键数目是2*30.71/922=0.067，是这样算吗？

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-6-25 15:04:29

又不是NMP溶剂自己和自己成氢键，为啥要乘二？

马天湉 · 发表于 Post on 2024-6-25 15:07:57

低调的板凳发表于 2024-6-25 15:04
又不是NMP溶剂自己和自己成氢键，为啥要乘二？

请问是不需要*2，直接除吗？

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-6-25 16:36:49

马天湉发表于 2024-6-25 15:07
请问是不需要*2，直接除吗？

是的。不过不理解算这个是要干啥。

水是因为一个氢键组合中有两个水分子，所以要乘2

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[GROMACS] 求助分子动力学模拟时氢键数目统计

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