疑惑：使用ORCA+mSeminario计算出的.hess为什么不能使用结果中的二面角？

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-6-25 15:09:28

本帖最后由 AxiEJohn 于 2024-6-25 15:16 编辑

新人。我在使用ORCA+mSeminario计算出的.hess结果全部应用在药物小分子的拓扑上后，在GROMACS能量最小化的步骤中出现不符合实际的成键，而在使用sobtop的prebuilt生成的二面角替换后就不会有这个问题。为什么mSeminario计算出的.hess结果中的二面角数据会导致如此后果？使用mSeminario计算基于sob老师在sobtop中“小知识：基于Hessian产生力常数的方法”一栏的推荐。辛苦各位解答。
我又仔细看了SOB老师说的“但mSeminario和Seminario方法在原理上不严格，导致的一个问题是对于某些体系对称的键角给出来的力常数可能明显不同，可能因此跑MD的时候分子对称性被破坏”，但是之前我也使用过DRIH计算药物小分子拓扑，也会出现类似的不符合实际成键问题，故而求解。

牧生 · 发表于 Post on 2024-6-25 15:17:08

本帖最后由牧生于 2024-6-25 15:24 编辑

你的那个小分子结构中，有两个氢原子都不合理。你需要手动把那两个氢原子的朝向改一下，让氢原子既不偏左，又不偏右，让它朝向外边。然后优化结构，做振动分析，然后得到hess文件。

类似情况在这里
http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html 第五楼是原因和解决方法

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-6-25 15:23:49

牧生发表于 2024-6-25 15:17
你的那个小分子结构不合理导致，有两个氢原子都不合理。你需要手动把那两个氢原子的朝向改一下，让氢原子既 ...

谢谢你的解答

原来是这样的情况

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-13 18:07:32

本帖最后由 AxiEJohn 于 2024-9-13 18:09 编辑

牧生发表于 2024-6-25 15:17
你的那个小分子结构中，有两个氢原子都不合理。你需要手动把那两个氢原子的朝向改一下，让氢原子既不偏左， ...

你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？

被前后夹击了

牧生 · 发表于 Post on 2024-9-13 18:26:12

AxiEJohn 发表于 2024-9-13 18:07
你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？
被前后夹击了

继续阅读第2楼的文字

并仔细去理解该贴第5楼中的图片 http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 18:54:45

AxiEJohn 发表于 2024-9-13 18:07
你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？
被前后夹击了

本来就该这样，此时氢可以和相邻的羟基形成内氢键
但实际上你这个体系能量最低的构象是左边两个羟基的氢都朝上，此时能形成的内氢键数目最多

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-13 23:53:11

本帖最后由 AxiEJohn 于 2024-9-14 00:06 编辑

牧生发表于 2024-9-13 18:26
继续阅读第2楼的文字

并仔细去理解该贴第5楼中的图片 http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.htm ...

很感谢您能再次解答，但是请原谅我的愚笨，并没有太明白精简的文字的内容。您帖中Sob老师说的方法您也尝试过了，我觉得还是氢原子和氧原子相对位置的关系。是否是氢和氧原子过于靠近时，通过DFT计算的力常数会在能量最小化阶段导致成键错误？两种朝向我都试过，可是左右都有氧原子。调整氢原子朝向垂直于两端氧原子连线，即氢原子离两端氧原子都最远方向时，在优化结构后还是会偏向一边的氧原子，总会形成1楼类似的交联成键。但是如果只用sobtop生成prebuild的力常数则不会出现这种问题。希望您能解答，我是医学专业，只是初窥门道，请谅解。

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-14 00:00:17

sobereva 发表于 2024-9-13 18:54
本来就该这样，此时氢可以和相邻的羟基形成内氢键
但实际上你这个体系能量最低的构象是左边两个羟基的氢 ...

感谢Sob老师不厌其烦地在基础领域解答，请问您如何解决这个问题？您说的有道理，会形成氢键，可是也不应该在能量最小化后直接形成化学键（pymol对终止的EM.gro进行可视化可见不合常理的交错成键）。6月份我逃避了，只是单纯地调整了氢原子朝向。最终还是会遇到这个问题。希望Sob老师赐教。借此机会我也表达一下对Sob老师开发的sobtop和Multiwfn的感谢

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-14 00:07:52

本帖最后由 AxiEJohn 于 2024-9-14 00:11 编辑

AxiEJohn 发表于 2024-9-13 18:07
你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？
被前后夹击了

能量最小化模拟后的图，可见极不合理的成键

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-14 01:08:05

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 00:00
感谢Sob老师不厌其烦地在基础领域解答，请问您如何解决这个问题？您说的有道理，会形成氢键，可是也不应 ...

不同程序有不同的判断连接关系的规则
也有的格式记录了成键关系
我不喜欢且拒绝使用pymol。mol2文件直接在GaussView里看，把成键关系弄正确，保存成mol2给sobtop就完了。当前体系直接让sobtop指认基于GAFF的力场参数就完了，根本没必要用mSeminario

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-14 11:07:16

sobereva 发表于 2024-9-14 01:08
不同程序有不同的判断连接关系的规则
也有的格式记录了成键关系
我不喜欢且拒绝使用pymol。mol2文件直 ...

感谢sob老师的指正。鉴于两个月前能成功模拟，和刚才进行的尝试，我认为并不是成键描述的问题，而是力常数的问题。同样简单的小分子，在两个月前只是调整氢原子朝向远离氧原子的方向就不会出错了，故而我认为是氢原子和氧原子距离问题。这次氢原子几何优化后会朝向的两边都会有氧原子。您说的没必要使用mSeminario方法我赞同，可如果使用也不应该出现如此大的问题。就好比小面积的松土用锄头就行，而我用了挖掘机，结果应该是还是能松土，而不是松土失败。最后，还是感谢sob老师能回答本问题。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-15 00:43:56

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 11:07
感谢sob老师的指正。鉴于两个月前能成功模拟，和刚才进行的尝试，我认为并不是成键描述的问题，而是力常 ...

对当前体系基于Hessian计算成键相关参数不仅没必要，而且根本就不推荐。用谐振势完全没法描述羟基二面角的可旋转性，引入了人为虚假因素
http://sobereva.com/soft/Sobtop的FAQ11里都已经非常强调了什么时候才应该基于Hessian算参数

AxiEJohn · 发表于 Post on 2024-9-16 11:35:45

sobereva 发表于 2024-9-15 00:43
对当前体系基于Hessian计算成键相关参数不仅没必要，而且根本就不推荐。用谐振势完全没法描述羟基二面角 ...

明白了，感谢sob老师的耐心细致的解答。同时也希望sob老师注意身体，早点休息

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[GROMACS] 疑惑：使用ORCA+mSeminario计算出的.hess为什么不能使用结果中的二面角？

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