计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 392|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 进行非动态平衡模拟遇到的问题,部分水分子被吸附在一侧没有按照加速方向移动

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

43

eV
积分
46

Level 2 能力者

本帖最后由 ups223 于 2024-6-29 15:16 编辑

在建立的盐水过滤系统中,给水分子添加了向Z正方向大小为1nm/ps2的加速度,用来过滤的PA链层和两端的石墨烯片层都用freezegrps固定了,但是有时会出现部分水分子直接被边上用来限位的已经固定坐标的单层石墨烯吸附住,我之前也尝试把单层石墨烯放得与盐水更远一些,但还是会出现水分子直接跑过去的状况。但有的时候即便初始石墨烯靠近盐水,也不会发生吸附,我尝试了加大加速度的值但是对于出现过这个问题的系统还是无法解决,求解答。

38

帖子

0

威望

1159

eV
积分
1197

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2024-6-29 18:45:52 | 只看该作者 Only view this author
可以尝试调整石墨烯板和其他分子间的相互作用,譬如把石墨烯的原子电荷设为零、调整其LJ参数使之疏水等。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 02:39 , Processed in 0.184927 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list