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[综合交流] 常温下PMF图中主客体结合过程中能垒是否可以越过

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本帖最后由 JCenter 于 2024-7-6 23:13 编辑

请教下大家,我基于gmx程序,通过伞状采样(NPT,298K,1bar,GAFF力场,RESP2(0.5)电荷,SPC/E三点水)计算了有机客体从主体环中拉出的PMF,如图所示。通过PMF,我发现从端口结合处进入空腔,需要越过一个约35KJ/mol的能垒,(这个能垒通过看看轨迹,发现是客体在端口处进行翻转,从而中性部分进入空腔),然后进入空腔后的自由能与端口处相比更低,不知道这个35KJ/mol能垒在常温下能跃过吗,还是说无法越过,使得构型维持端口处呢

PMF.png (252.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2024-7-7 16:27:07 | 只看该作者 Only view this author
能。但前提是客体本身容易稳定结合在端口,从而能够有频繁的碰撞
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 09:02:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-7 16:27
能。但前提是客体本身容易稳定结合在端口,从而能够有频繁的碰撞

好嘞,谢谢老师
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