高斯报错求助。跑了十个小时终止了。恳请提供一些解决方法。谢谢。

〇66

跑了十个小时终止了，结构如图。可以麻烦大佬们帮忙看看原因吗，恳请提供一些解决的方法，非常感谢。

结构：


优化过程：


输入文件关键词：

%nprocshared=32
%mem=96GB
%chk=AFCM.chk
# opt freq scrf=(smd,solvent=water) M062X def2svp


输出文件最后几行：

Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
------------------------------------------------------------------------------
Nuclear repulsion after PCM non-electrostatic terms =     5987.2804798098 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51835 LenP2D=  120709.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=   763 RedAO= T EigKep=  6.57D-04  NBF=   763
NBsUse=   763 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   763
Initial guess from the checkpoint file:  "AFCM.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.998407   -0.054045   -0.005679    0.015180 Ang=  -6.47 deg.
ExpMin= 1.22D-01 ExpMax= 2.27D+03 ExpMxC= 3.41D+02 IAcc=2 IRadAn=         4 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 1009 and IRadAn=       4 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor= 1009 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         4 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Inv3:  Mode=1 IEnd=    72206508.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from unit magnitude is 6.44D-15 for   4905.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from orthogonality  is 5.25D-15 for   1935   1881.
Iteration    1 A^-1*A deviation from unit magnitude is 6.44D-15 for   4905.
Iteration    1 A^-1*A deviation from orthogonality  is 7.65D-13 for   2363   2360.
Error on total polarization charges =  0.05174
SCF Done:  E(RM062X) =  -2214.53023509     A.U. after   14 cycles
            NFock= 14  Conv=0.33D-08     -V/T= 2.0094
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =       9.01
(included in total energy above)
galloc:  could not allocate memory.

niobium

最后一行写得很清楚：机器内存不够，可用内存没有你想要的96G。一开始能正常跑，说明应该是后来有人跟你挤机器了。

sai77

除了内存问题，建议看看社长这个贴子
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》
http://sobereva.com/327
1.4部分

M062X本身收敛就比较困难，再用SMD溶剂模型，那更是难上加难

kimariyb

感觉你弱相互作用这么明显的体系，就算用了 M06-2x 也可以加 em=gd3，最重要的是内存被抢了才这么慢，不然就算 nproc=32 mem=64 GB 在相同级别下算 100 个原子左右的体系，2个小时我也能算出来。

〇66

kimariyb 发表于 2024-7-7 10:51
感觉你弱相互作用这么明显的体系，就算用了 M06-2x 也可以加 em=gd3，最重要的是内存被抢了才这么慢，不然 ...

谢谢帮助，根据各位老师的指点。我重新尝试，更改了输入文件的关键词，但是最后输出结果还是有问题。

更改后输入文件关键词：
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=AFCM-1.chk
# opt freq def2svp b3lyp em=gd3

输出文件的最后几行如下:
Rotational constants (GHZ):           0.1379838           0.0563560           0.0513029
Standard basis: def2SVP (5D, 7F)
There are   805 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   763 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   763 basis functions,  1295 primitive gaussians,   805 cartesian basis functions
   160 alpha electrons      160 beta electrons
       nuclear repulsion energy      5985.2950556490 Hartrees.
NAtoms=   77 NActive=   77 NUniq=   77 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     5985.1669249777 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51822 LenP2D=  120592.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=   763 RedAO= T EigKep=  7.08D-04  NBF=   763
NBsUse=   763 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   763
Initial guess from the checkpoint file:  "AFCM-1.chk"
B after Tr=    -0.000000   -0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000 Ang=   0.00 deg.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2215.44125111     A.U. after    1 cycles
            NFock=  1  Conv=0.19D-08     -V/T= 2.0092
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1   763
NBasis=   763 NAE=   160 NBE=   160 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    763 NOA=   160 NOB=   160 NVA=   603 NVB=   603
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51822 LenP2D=  120592.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
Number of processors reduced to   7 by ecpmxn.
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    78 centers at a time, making    1 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=111111111111111111111111111
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
CalDSu exits because no D1Ps are significant.
          There are   234 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=6 NUNeed=     3.
    231 vectors produced by pass  0 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 2.81D+02 4.30D+00.
AX will form    96 AO Fock derivatives at one time.
    231 vectors produced by pass  1 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 6.34D+01 1.27D+00.
    231 vectors produced by pass  2 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 5.38D-01 5.64D-02.
    231 vectors produced by pass  3 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 2.35D-03 4.58D-03.
    231 vectors produced by pass  4 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 4.66D-06 2.03D-04.
    188 vectors produced by pass  5 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 4.57D-09 4.90D-06.

xsc6

〇66 发表于 2024-7-7 15:03
谢谢帮助，根据各位老师的指点。我重新尝试，更改了输入文件的关键词，但是最后输出结果还是有问题。

...

任务没结束吧，在做freq呢 是自己停了吗 或者不小心被别人杀了？ 你一个核1个G内存有点少

〇66

xsc6 发表于 2024-7-7 19:05
任务没结束吧，在做freq呢 是自己停了吗 或者不小心被别人杀了？ 你一个核1个G内存有点少

好的 谢谢 我加大内存到64看看 （你的签名很有趣）

xsc6

〇66 发表于 2024-7-7 19:48
好的 谢谢 我加大内存到64看看 （你的签名很有趣）

你自己的服务器什么情况只有你自己清楚 如果经常被别人抢内存 可以试试独占节点

〇66

xsc6 发表于 2024-7-7 21:09
你自己的服务器什么情况只有你自己清楚 如果经常被别人抢内存 可以试试独占节点

独占节点感觉会贵很多 我跑的量比较大

wxyhgk

已近算完了，你这种最好加入色散作用

==== 计算细节 ====
Gaussian版本： C.01
耗时：7h8m16s
==============

输入文件：

1. %cpu=0-63
   
2. %mem=96GB
   
3. %chk=AFCM.chk
   
4. # opt freq scrf=(smd,solvent=water) M062X def2svp em=gd3
   
5. 
   
6. AFCM
   
7. 
   
8. 0 1
   
9. C                 -4.33710000    0.99520000   -0.70910000
   
10. C                 -3.10500000    0.29380000   -0.11110000
    
11. O                 -1.85710000    1.07790000   -0.44520000
    
12. C                 -1.96260000    2.45190000    0.17170000
    
13. C                 -3.16970000    3.19660000   -0.42630000
    
14. C                 -4.44870000    2.40460000   -0.10390000
    
15. O                 -0.71890000    3.27060000   -0.07960000
    
16. C                  0.50060000    2.60810000    0.51490000
    
17. C                  0.96400000    1.42950000   -0.36120000
    
18. C                  2.22390000    0.79410000    0.25420000
    
19. C                  3.34290000    1.84810000    0.33350000
    
20. C                  2.88080000    3.02470000    1.21170000
    
21. C                  1.62470000    3.65610000    0.58570000
    
22. C                 -3.01300000   -1.12960000   -0.68970000
    
23. O                 -3.59250000   -2.29150000    0.08010000
    
24. O                 -4.58200000    2.28140000    1.39440000
    
25. O                 -3.26190000    4.57170000    0.19040000
    
26. O                 -2.21290000   -1.38240000   -1.94480000
    
27. O                  1.30570000    1.95180000   -1.73550000
    
28. O                  2.69380000   -0.35080000   -0.61080000
    
29. C                  1.14260000    4.83220000    1.45490000
    
30. O                  2.22730000    5.87800000    1.54360000
    
31. C                 -5.59810000    0.18370000   -0.36010000
    
32. C                  4.60000000    1.20190000    0.94370000
    
33. H                 -4.22540000    1.07000000   -1.84100000
    
34. H                 -3.22220000    0.23280000    1.02130000
    
35. H                 -2.11380000    2.34460000    1.29660000
    
36. H                 -3.04250000    3.28900000   -1.55510000
    
37. H                 -5.35960000    2.94020000   -0.53220000
    
38. H                  0.26240000    2.24600000    1.56910000
    
39. H                  0.13820000    0.64730000   -0.43330000
    
40. H                  1.98500000    0.41090000    1.30080000
    
41. H                  3.57950000    2.22870000   -0.71470000
    
42. H                  3.70780000    3.80730000    1.26870000
    
43. H                  2.63810000    2.64790000    2.25980000
    
44. H                  1.86840000    4.02880000   -0.46400000
    
45. H                 -3.64840000   -2.02780000    1.15670000
    
46. H                 -3.68790000    1.75610000    1.79140000
    
47. H                 -4.13230000    5.11280000   -0.23580000
    
48. H                  2.11230000    2.71000000   -1.64980000
    
49. H                  3.61240000   -0.79150000   -0.17020000
    
50. H                  0.89100000    4.45340000    2.50020000
    
51. H                  0.21130000    5.28960000    0.98210000
    
52. H                  1.87470000    6.72920000    2.16260000
    
53. H                 -5.50480000   -0.86580000   -0.79530000
    
54. H                 -6.51860000    0.69700000   -0.79440000
    
55. H                 -5.69960000    0.11660000    0.77340000
    
56. H                  4.93040000    0.32830000    0.28970000
    
57. H                  4.35880000    0.82190000    1.99100000
    
58. H                  5.43730000    1.97330000    1.00190000
    
59. C                  8.25770000    7.28800000    1.86050000
    
60. N                  6.87570000    6.82970000    1.46140000
    
61. C                  5.76280000    7.83750000    1.30300000
    
62. N                  6.03070000    9.30360000    1.54560000
    
63. C                  7.41310000    9.76220000    1.94390000
    
64. N                  8.52670000    8.75410000    2.10150000
    
65. N                  7.68270000   11.22840000    2.18440000
    
66. N                  4.38250000    7.37960000    0.89810000
    
67. N                  9.37070000    6.28000000    2.01820000
    
68. H                  6.86440000   11.96940000    2.06860000
    
69. H                  8.69900000   11.56510000    2.47650000
    
70. H                  4.18570000    6.30190000    0.71810000
    
71. H                  3.56380000    8.11990000    0.78260000
    
72. H                  9.17220000    5.20220000    1.84130000
    
73. H                 10.38730000    6.61630000    2.31130000
    
74. C                 -2.20570000    8.44610000    0.03070000
    
75. N                 -2.74360000    9.85350000    0.13170000
    
76. C                 -1.81670000   10.99280000    0.48250000
    
77. N                 -0.35170000   10.72460000    0.73190000
    
78. C                  0.18580000    9.31690000    0.63220000
    
79. N                 -0.74120000    8.17740000    0.28270000
    
80. O                  1.65020000    9.04790000    0.88340000
    
81. O                 -2.35430000   12.40000000    0.58560000
    
82. O                 -3.13300000    7.30860000   -0.32420000
    
83. H                 -3.81980000   10.05080000   -0.05460000
    
84. H                  0.32980000   11.56190000    0.99050000
    
85. H                 -0.34610000    7.14210000    0.21220000
    
86. 
    

复制代码

输出坐标

1. C                  0.28215300    3.86363800   -0.56106500
   
2. C                  1.69356000    3.26296000   -0.43799600
   
3. O                  1.62195300    1.91583200   -0.03301500
   
4. C                  0.97693200    1.07478600   -0.97162400
   
5. C                 -0.45062900    1.54800900   -1.21711200
   
6. C                 -0.50583000    3.03604900   -1.58323600
   
7. O                  0.94375200   -0.20482300   -0.45335800
   
8. C                  1.99438100   -1.09158500   -0.83469900
   
9. C                  3.18662800   -0.99394500    0.11748600
   
10. C                  4.29057700   -1.92734200   -0.37169800
    
11. C                  3.80102400   -3.37879000   -0.38884300
    
12. C                  2.55694700   -3.48273000   -1.27240600
    
13. C                  1.43668600   -2.50802500   -0.90200000
    
14. C                  2.48064800    4.00735800    0.62578400
    
15. O                  3.20533900    5.04225500    0.21654200
    
16. O                 -0.10416300    3.27604300   -2.91583600
    
17. O                 -0.98405100    0.74180900   -2.24444700
    
18. O                  2.43038100    3.72859500    1.79839200
    
19. O                  2.87309800   -1.35050500    1.44545700
    
20. O                  5.40200200   -1.74227300    0.48456500
    
21. C                  0.28898000   -2.59177500   -1.90378100
    
22. O                 -0.38634300   -3.83138800   -1.84797800
    
23. C                  0.28426400    5.34383100   -0.91581800
    
24. C                  4.89219500   -4.33233800   -0.86108500
    
25. H                 -0.19495400    3.71113500    0.42074600
    
26. H                  2.22862400    3.34601200   -1.40314200
    
27. H                  1.54335700    1.09173900   -1.92473600
    
28. H                 -1.00673500    1.41538500   -0.27107100
    
29. H                 -1.56119100    3.34874400   -1.53898300
    
30. H                  2.34822300   -0.80257200   -1.84072900
    
31. H                  3.56787300    0.04352100    0.08633500
    
32. H                  4.55096500   -1.63296800   -1.40700800
    
33. H                  3.52530900   -3.62957800    0.64812600
    
34. H                  2.16386500   -4.50992900   -1.24947300
    
35. H                  2.85394600   -3.28118600   -2.31845500
    
36. H                  1.03122000   -2.76084700    0.09414600
    
37. H                  3.19596300    5.13760200   -0.75069100
    
38. H                  0.79597800    2.95311500   -3.06066900
    
39. H                 -1.85854400    1.10728000   -2.46632700
    
40. H                  1.91971500   -1.22599200    1.66073700
    
41. H                  6.13550100   -2.26914900    0.14195800
    
42. H                  0.69581400   -2.46693800   -2.92221000
    
43. H                 -0.41027800   -1.76061200   -1.73234500
    
44. H                 -1.11647100   -3.71262000   -1.22113000
    
45. H                  0.70622800    5.95531500   -0.10633100
    
46. H                 -0.74523700    5.68509600   -1.09365300
    
47. H                  0.86533400    5.52742600   -1.83153600
    
48. H                  5.76838400   -4.31066700   -0.19632000
    
49. H                  5.22415000   -4.06967000   -1.87850300
    
50. H                  4.52205000   -5.36767500   -0.88305500
    
51. C                  0.38840700    0.48326500    2.58667200
    
52. N                  0.39394800   -0.85921400    2.53966300
    
53. C                 -0.77241800   -1.42984900    2.20852000
    
54. N                 -1.90766700   -0.76181900    1.97401100
    
55. C                 -1.79819500    0.57111800    2.04962000
    
56. N                 -0.68612900    1.24793500    2.36428400
    
57. N                 -2.90086400    1.29467800    1.76169900
    
58. N                 -0.80717000   -2.77527600    2.14301700
    
59. N                  1.54800100    1.08634600    2.91507400
    
60. H                 -3.79346900    0.81630000    1.73921900
    
61. H                 -2.88989700    2.28874800    1.95650500
    
62. H                  0.08022200   -3.26549100    2.15765300
    
63. H                 -1.57957000   -3.19564200    1.63615800
    
64. H                  2.37673500    0.50251400    2.84679600
    
65. H                  1.66124400    2.05442600    2.61865000
    
66. C                 -3.94570400    0.27735200   -1.05993200
    
67. N                 -5.17057700    0.06954900   -0.47023500
    
68. C                 -5.55035300   -1.06631500    0.21797500
    
69. N                 -4.58253100   -2.04807200    0.25268300
    
70. C                 -3.33100600   -1.96517600   -0.30941600
    
71. N                 -3.07817800   -0.78512700   -0.96335800
    
72. O                 -2.53454400   -2.88054200   -0.25831200
    
73. O                 -6.63439900   -1.18964700    0.73509900
    
74. O                 -3.66540900    1.30819300   -1.63815900
    
75. H                 -5.84946700    0.82863000   -0.52600900
    
76. H                 -4.81460600   -2.91003900    0.74545200
    
77. H                 -2.13853400   -0.63576100   -1.35164200
    

复制代码

〇66

wxyhgk 发表于 2024-7-12 08:05
已近算完了，你这种最好加入色散作用

一次小小的提问意识到了自己之前的很多错误，也感受到了网友大佬的热情，居然还麻烦您帮我跑了一遍，真是好心人，太感谢您了！