使用sobEDA方法进行能量分解出现no data on chk file

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-11 10:18:19

本帖最后由 1030266769 于 2024-7-13 16:25 编辑

使用sobEDA方法进行能量分解，在计算准分子态promol.gjf的时候出现no data on chk file 应该怎么处理

promol.gjf是sobEDA.sh脚本通过Multiwfn自动生成的，其中oldchk参数也是自动生成的，我双击打开chk文件显示无法打开的文件类型，所以不明白错误在哪

请教一下大佬

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-11 15:29:25

chk不是文本文件，显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分，所有可能导致报错的原因都说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

当前没法从chk里读取信息，检查更之前的步骤的运行情况

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-13 16:24:53

sobereva 发表于 2024-7-11 15:29
chk不是文本文件，显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分，所有可能导致报错的原因都说了

社长，已经照着http://sobereva.com/685一步一步改了结果还是有问题

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-13 16:26:42

sobereva 发表于 2024-7-11 15:29
chk不是文本文件，显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分，所有可能导致报错的原因都说了

Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-208
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Finished successfully!
Running: formchk fragment1.chk fragment1.fch
Energy components of fragment 1:
E_tot = -7327.83500787 Hartree
E_T = 7290.878511 Hartree
E_els = -13568.6346550002 Hartree
E_x = -996.891444 Hartree
E_c = -52.237383 Hartree
E_disp = -0.9500368698 Hartree

Charge and spin multiplicity of fragment 2: 0 2
Indices of atoms in fragment 2: 209-265
Generating Gaussian input file of fragment 2 via Multiwfn (fragment2.gjf)
Running: g16 < fragment2.gjf &> fragment2.out
Finished successfully!
Running: formchk fragment2.chk fragment2.fch
Energy components of fragment 2:
E_tot = -3050.62363960 Hartree
E_T = 3041.708697 Hartree
E_els = -5797.3964372607 Hartree
E_x = -281.474985 Hartree
E_c = -13.295561 Hartree
E_disp = -0.1653533393 Hartree

Note: Calculation of whole system will be conducted in unrestricted way

Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)
Running: unfchk promol.fch promol.chk
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

这是result的内容

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-7-13 18:24:04

1030266769 发表于 2024-7-13 16:26
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1

export OMP_STACKSIZE 看看环境变量里面有没有这个，没准是调用的内存不够导致的

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-13 19:24:55

七尺贱发表于 2024-7-13 18:24
export OMP_STACKSIZE 看看环境变量里面有没有这个，没准是调用的内存不够导致的

已经设置了

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-13 20:07:35

已经计算了例子没有问题，可以正常进行

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-13 21:47:18

检查Multiwfn和Gaussian的版本是否符合要求
如果符合，我没法判断原因

1030266769 · 发表于 Post on 2024-7-13 22:01:18

sobereva 发表于 2024-7-13 21:47
检查Multiwfn和Gaussian的版本是否符合要求
如果符合，我没法判断原因

符合的

mmxll · 发表于 Post on 2024-10-30 15:57:28

您好，我想问一下您的问题解决了吗？我也遇到了一样的问题，谢谢。

1030266769 · 发表于 Post on 2024-12-11 17:03:00

mmxll 发表于 2024-10-30 15:57
您好，我想问一下您的问题解决了吗？我也遇到了一样的问题，谢谢。

没有呢

249783794 · 发表于 Post on 2025-5-27 23:15:11

我也是同样的问题，也是算准分子态这个阶段报错，试了好几种参数了

249783794 · 发表于 Post on 2025-5-27 23:56:01

我懂了，你看chk文件大小，就发现是文件大小是明显偏小了

引用社长的话，可以这样做
手动运行unfchk promol.fch promol.chk看看显示什么，有可能是unfchk没成功。

如果发现formchk或unfchk步骤有问题，而且是可调用内存不够导致无法转换，把export GAUSS_MEMDEF=30GB加入用户目录下的.bashrc，然后重新进入终端，再重新跑sobEDA.sh。

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[Gaussian/gview] 使用sobEDA方法进行能量分解出现no data on chk file

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