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[Gaussian/gview] 使用sobEDA方法进行能量分解出现no data on chk file

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本帖最后由 1030266769 于 2024-7-13 16:25 编辑

使用sobEDA方法进行能量分解,在计算准分子态promol.gjf的时候出现no data on chk file 应该怎么处理

promol.gjf是sobEDA.sh脚本通过Multiwfn自动生成的,其中oldchk参数也是自动生成的,我双击打开chk文件显示无法打开的文件类型,所以不明白错误在哪

请教一下大佬


屏幕截图 2024-07-11 100941.png (54.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

promol.gjf

promol.gjf

屏幕截图 2024-07-11 101955.png (80.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

promol.out

promol.out

fragment.txt

24 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

sobEDA.sh

14.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

system.xyz

5.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

template.gjf

133 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2024-7-11 15:29:25 | 只看该作者 Only view this author
chk不是文本文件,显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分,所有可能导致报错的原因都说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

当前没法从chk里读取信息,检查更之前的步骤的运行情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 16:24:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-11 15:29
chk不是文本文件,显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分,所有可能导致报错的原因都说了

社长,已经照着http://sobereva.com/685一步一步改了结果还是有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 16:26:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-11 15:29
chk不是文本文件,显然没法双击打开

仔细看下文FAQ部分,所有可能导致报错的原因都说了

Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-208
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Finished successfully!
Running: formchk fragment1.chk fragment1.fch
Energy components of fragment 1:
E_tot = -7327.83500787 Hartree
E_T = 7290.878511 Hartree
E_els = -13568.6346550002 Hartree
E_x = -996.891444 Hartree
E_c = -52.237383 Hartree
E_disp = -0.9500368698 Hartree

Charge and spin multiplicity of fragment 2: 0 2
Indices of atoms in fragment 2: 209-265
Generating Gaussian input file of fragment 2 via Multiwfn (fragment2.gjf)
Running: g16 < fragment2.gjf &> fragment2.out
Finished successfully!
Running: formchk fragment2.chk fragment2.fch
Energy components of fragment 2:
E_tot = -3050.62363960 Hartree
E_T = 3041.708697 Hartree
E_els = -5797.3964372607 Hartree
E_x = -281.474985 Hartree
E_c = -13.295561 Hartree
E_disp = -0.1653533393 Hartree

Note: Calculation of whole system will be conducted in unrestricted way

Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)
Running: unfchk promol.fch promol.chk
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits


这是result的内容

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发表于 Post on 2024-7-13 18:24:04 | 只看该作者 Only view this author
1030266769 发表于 2024-7-13 16:26
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1

export OMP_STACKSIZE 看看环境变量里面有没有这个,没准是调用的内存不够导致的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 19:24:55 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-7-13 18:24
export OMP_STACKSIZE 看看环境变量里面有没有这个,没准是调用的内存不够导致的

已经设置了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 20:07:35 | 只看该作者 Only view this author
已经计算了例子 没有问题,可以正常进行

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发表于 Post on 2024-7-13 21:47:18 | 只看该作者 Only view this author
检查Multiwfn和Gaussian的版本是否符合要求
如果符合,我没法判断原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 22:01:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-13 21:47
检查Multiwfn和Gaussian的版本是否符合要求
如果符合,我没法判断原因

符合的

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发表于 Post on 2024-10-30 15:57:28 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想问一下您的问题解决了吗?我也遇到了一样的问题,谢谢。

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