求助 AIMD 模拟石墨嵌锂过程中结构分散和如何确定锂的性质用来计算扩散系数

流水先生 · 发表于 Post on 2024-7-23 17:45:32

本帖最后由流水先生于 2024-7-24 08:37 编辑

各位老师好，

我在使用 CP2K 进行 aimd 模拟，研究石墨负极中锂的扩散系数，通过计算1200k，1000k，800k，600k温度下，步长1fs，模拟10ps，拟合出常温下扩散系数的方式。在模拟过程中，我遇到了一些问题，希望得到大家的帮助：

石墨层分散开，盒子变大：在我的模拟中，石墨层逐渐分散开，导致盒子尺寸变大，各个温度下情况基本一致。请问这种情况是否合理？是否有可能是由于模拟参数设置不当或者模型构建的问题？
模型构建问题：我在模拟中使用了锂离子还是锂原子？考虑到锂在电池负极中的实际行为，是否需要特别处理锂的电荷状态？我的模型构建是否符合实际情况？

附上我的 CP2K 输入文件、结构文件和模拟结果的图片供参考。希望各位老师能帮忙提供建议。

吞木木 · 发表于 Post on 2024-7-24 12:52:29

NVT系综盒子怎么还能变大呢？这不就是保持原子数、体积、温度，三个恒定量去跑的MD？我真的很好奇NVT是怎么变大的。这种情况当然不合理。

喝杯热水 · 发表于 Post on 2024-7-25 14:15:39

1 NVT 系综不会使得体系盒子变大。
2 输出文件格式是xyz，所以实际上输出文件没有格子信息。

综上，你这个情况实际上是发生了原子溢出边界问题……原子实质上还在格子内。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-26 06:22:17

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

流水先生 · 发表于 Post on 2024-7-26 14:24:05

喝杯热水发表于 2024-7-25 14:15
1 NVT 系综不会使得体系盒子变大。
2 输出文件格式是xyz，所以实际上输出文件没有格子信息。

谢谢明白了

流水先生 · 发表于 Post on 2024-7-26 14:24:26

sobereva 发表于 2024-7-26 06:22
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

谢谢社长

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