求助：gromacs，模拟的密度与分子真实密度相差较大

luodandan

各位老师好！我用gromacs模拟喹啉分子的密度，喹啉的真实密度为1095kg/cm3。
经过能量极小化，在平衡1000ps，看喹啉的密度为1063kg/cm3, 最后在1000ps下计算产生相, 结果密度为1006kg/cm3。误差太大，这是什么原因导致的

student0618

Which forcefield you are using? Check the 3D structure of your molecule? What's your system configuration? And the pressure?

pal

得说明力场来源，然后这密度都超过1t/cm3

sobereva

什么模拟细节都没有，属于让别人算命
你写文章的时候computational details怎么写的，提问时就怎么交代细节，仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

luodandan

不好意思各位老师，下次一定注意。
我用的AMBER力场，模拟细节如下：
构建了5*5*5nm的盒子，放了424个喹啉分子，top和itp文件是经过sobtop产生的
1、em.mdp
define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol  = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout   = 20
nstlog    = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme            = Verlet
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.6
vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.6
DispCorr                 = EnerPres
;
constraints              = none

2、eq.mdp
define =
integrator = md
dt         = 0.001
nsteps     = 1000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 30 ;ps
annealing_temp = 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.6
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.6
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

3、prod.mdp
define =
integrator = md
dt         = 0.001
nsteps     = 1000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 500
nstvout = 500
nstfout = 500
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.6
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.6
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

dzdhp

luodandan 发表于 2024-7-25 10:31
不好意思各位老师，下次一定注意。
我用的AMBER力场，模拟细节如下：
构建了5*5*5nm的盒子，放了424个喹 ...

产生top前是否对分子结构进行优化并计算电荷；此外是否有体系检查温度压力的状态，不是说你走个平衡的流程就是真的平衡；我记得sob老师讲3x3x3的水盒子时都跑了1ns，你这个5x5x5的盒子只跑1ns貌似短了点；最后你的截断距离咋1.6，是有什么讲究吗，求教.