运行了100纳秒的程序，为什么RMSD、Rg等数据没有算到100纳秒

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-7-31 10:57:44

我模拟运算的时间是100纳秒，当我计算RMSD Rg等数据时，并没有算到100纳秒，算到大概80纳秒就停止了，这是为什么呢？我的计算命令：gmx rms -s md.tpr -f md_mol.xtc -o rmsd -tu ns以及gmx gyrate -s md.tpr -f md_mol.xtc -o gyrate.xvg

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-31 12:10:18

看看轨迹文件里是否包含100 ns？

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-1 06:35:32

用gmx check检查当前轨迹到底有多长

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