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[GROMACS] 蛋白配体复合物体系在模拟50ns后根据轨迹生成的RMSD曲线图中,曲线出现异常波动

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各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物体系,使用gromacs进行了50ns的模拟后,对RMSD值进行了计算,如图所示,但是出现了异常大的波动,想问一下各位老师是什么原因?

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发表于 Post on 2024-8-4 22:14:39 | 只看该作者 Only view this author
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html

老生常谈的问题,仔细看上文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-5 10:26:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 12313 于 2024-8-5 10:35 编辑
sobereva 发表于 2024-8-4 22:14
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com ...

老师,您的意思是如果用VMD计算RMSD的话,可以避免出现上述情况吗?因为我是通过gmx rms命令来计算的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-6 13:54:38 | 只看该作者 Only view this author

如何解释蛋白配体复合物体系模拟后,rmsd曲线陡升陡降的现象

各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,在使用gromacs模拟50ns后,使用gmx rms指令生成了rmsd曲线图如下,那该如何解释这一现象,并且又该怎么消除这一现象呢?

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发表于 Post on 2024-8-6 17:44:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-8-6 17:48 编辑

看轨迹才知道怎么回事
大概率是消除PBC的时候受体和配体跑到盒子两侧
公社里有大量关于此类问题的帖子,搜索一下应该能找到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-7 13:48:44 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-8-6 17:44
看轨迹才知道怎么回事
大概率是消除PBC的时候受体和配体跑到盒子两侧
公社里有大量关于此类问题的帖子, ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2024-8-8 05:31:44 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-8-6 13:54
各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,在使用gromacs模拟50ns后,使用gmx rms指令生成了rmsd曲线图如下, ...

同一个问题不得发两个帖子,不要破坏论坛秩序
这次给你合并了,下次发现将永久禁言处理!
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