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[GROMACS] 对分子对接后的复合物进行动力学模拟不能识别导出的pdb文件

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我通过MOE软件对蛋白质和小分子肽进行了分子对接处理并将最优结果导出为pdb格式,想利用GROMACS分析对接后蛋白-肽复合物的动力学模拟。
已经手动将复合物pdb文件里面的*改为配体的名字knt

但是利用pdb2gmx导入复合物的时候,还是提示报错。

请问对于这个pdb文件还需要做什么其他的预处理吗?

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发表于 Post on 2024-8-31 20:40:17 | 只看该作者 Only view this author
根据力场对NME修改pdb对应原子名
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2024-9-2 05:18:56 | 只看该作者 Only view this author
sobtop来产生ligand的gro和top

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发表于 Post on 2024-9-2 08:50:00 | 只看该作者 Only view this author
pdb里的残基名和原子名必须和力场目录下的rtp文件里的相对应,不对应就自己改
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