求教如何使用packmol建立固相二氧化硅表面

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-9-1 12:44:10

想建立如图所示模型，上面是油和水，下面是固体二氧化硅表面（红色箭头所指的部分）：

想使用packmol进行建模，我的步骤如下：获取二氧化硅的pdb文件，根据我要建立的固体体积、二氧化硅的密度，计算了需要多少分子然后建模，获得如下体系，这样建立的模型似乎是一个溶剂盒子并非固相界面。请教各位packmol如何建立二氧化硅固体表面？我的步骤哪里有问题？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-1 14:44:08

找一个二氧化硅的晶体结构，扩胞后再放置到体系中，设置盒子的大小使底下的二氧化硅是一个严格的周期性晶体结构

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-9-1 20:58:21

Seyilaxa 发表于 2024-9-1 14:44
找一个二氧化硅的晶体结构，扩胞后再放置到体系中，设置盒子的大小使底下的二氧化硅是一个严格的周期性晶体 ...

请问怎么放在体系中去，ms里面扩胞后保存为PDB然后复制坐标到体系吗？我这样做得到的模型坐标是错位的

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-2 07:30:14

根本就不应该用packmol，你的前提就是错的

应当直接基于SiO2的cif文件，用Multiwfn或GaussView等程序适当扩胞得到足够的slab，然后加上真空区，保存成包含了盒子信息的gro/pdb（如果是GaussView，先保存成gjf，再用Multiwfn转成pdb），再在真空区里插入分子（用gmx solvate、gmx insert-molecules）

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