关于能量最小化Energy minimization has stopped, but the forces have not conver...

YuniJ · 发表于 Post on 2024-9-3 08:58:49

各位老师，在模拟含有金属和配位水分子的蛋白质体系时，能量最小化遇到了：
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the requested precision Fmax < 100 (which may not be possible for your system). It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we regard the minimization as converged to within the available machine precision的问题
，我先去检查了结构，观测金属和水分子（如图所示，并且金属ZN和水分子的氧有共价键），请问是这个结构的问题吗？如果是，应该怎么修改呢？因为我调整了氢原子的方向，还是出现了同样的问题

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-3 10:24:02

参考Gromacss官方的回答
https://manual.gromacs.org/docum ... -the-requested-fmax
可以尝试一下这几个方法
减少最小化搜索的步长（emstep）
尝试不同的最小化算法（例如：共轭梯度法（cg），有限内存BFGS（l-bfgs））
尝试使用双精度版本的GROMACS。
尝试稍微增大模拟盒的大小。

YuniJ · 发表于 Post on 2024-9-3 10:37:29

Loading0760 发表于 2024-9-3 10:24
参考Gromacss官方的回答
https://manual.gromacs.org/documentation/current/user-guide/run-time-errors. ...

好的，谢谢您，我去尝试一下

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 11:51:56

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

YuniJ · 发表于 Post on 2024-9-3 19:35:18

sobereva 发表于 2024-9-3 11:51
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

好的！谢谢老师

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