gif转POSCAR出现如下问题怎么办？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-20 19:54:55

本帖最后由 abu123 于 2024-9-23 09:12 编辑

我用gif转POSCAR，转换之后出现的poscar的文本文件好像是合适的，但是我用vesta打开后的文件如下，似乎有点问题，请问这是啥原因？应该怎么解决呢？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-20 20:03:21

.gjf 才是 Gaussian 的输入文件格式，.gif 是图片格式……

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-20 20:14:03

乐平发表于 2024-9-20 20:03
.gjf 才是 Gaussian 的输入文件格式，.gif 是图片格式……

是.gjf，输错了

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-20 20:46:05

本帖最后由 abu123 于 2024-9-20 20:48 编辑

我将文件名称更改为POSCAR后，多出来6个原子，这个应该怎么处理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 22:05:59

提问时候把问题描述完整，什么程序转的说清楚（虽然一看就是Multiwfn，提问时也必须明确说），并且输入输出文件都上传便于别人判断情况

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-23 09:11:35

sobereva 发表于 2024-9-20 22:05
提问时候把问题描述完整，什么程序转的说清楚（虽然一看就是Multiwfn，提问时也必须明确说），并且输入输出 ...

老师，是用Multiwfn转Gaussian的gjf文件，输入输出文件分别如上，转完之后多出了原子而且原来结构的原子位置发生了改变，请您帮我看一下是啥原因，应该怎么做？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-23 09:46:22

本帖最后由乐平于 2024-9-23 10:10 编辑

abu123 发表于 2024-9-23 09:11
老师，是用Multiwfn转Gaussian的gjf文件，输入输出文件分别如上，转完之后多出了原子而且原来结构的原子 ...

从你的 FeCu-1a.gjf 和 POSCAR 来看，其实是一致的。

红圈标记的是对应的 C （伸出周期盒子）
在 VESTA 文件里默认没有显示对侧的 C，这是是周期性边界条件所致，盒子左右，上下，前后是完全等价的，各显示一个就足够了（右图红色方框标记的和红色椭圆圈标记的是等价的）。

如果你一定要在 VESTA 里看到和 GaussView 类似的效果（在盒子外面显示 C 原子），可以在 VESTA 的菜单栏上点击 Edit ——> Bonds
在弹出的 Bonds 对话框中，先点击下方的 C C 连接方式，然后勾选 Search additional atoms recursively if either A1 or A2 is visible，再点击 Apply 应用看看效果。
如下图所示：

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-23 10:36:33

乐平发表于 2024-9-23 09:46
从你的 FeCu-1a.gjf 和 POSCAR 来看，其实是一致的。

老师，那这样的话我对应的Fe原子和Cu原子所在的位置也是合理的对吗？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-23 11:09:30

abu123 发表于 2024-9-23 10:36
老师，那这样的话我对应的Fe原子和Cu原子所在的位置也是合理的对吗？

你量一下就知道了呀

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-23 16:00:13

本帖最后由 abu123 于 2024-9-23 16:15 编辑

乐平发表于 2024-9-23 11:09
你量一下就知道了呀

老师，这个poscar下我优化了一下，然后发现出来的结果中多了3个C 原子，我原本是有12个C原子，这种POSCAR优化完之后多了3个C,vasp中的输入文件如下。
此外，我想要的是20个原子的POSCAR,如下图，然后我用您上面的方法选择不搜索边界原子后得到了想要的结构，但是他只能保存成.VESTA文件，不能使用。

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 06:47:48

本帖最后由乐平于 2024-9-24 09:07 编辑

abu123 发表于 2024-9-23 16:00
老师，这个poscar下我优化了一下，然后发现出来的结果中多了3个C 原子，我原本是有12个C原子，这种POSCAR ...

你的 POSCAR 里只有 12 个 C 原子，优化不可能增加 C 原子

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你的新的 20 个原子的结构，要 “导出” Export Data 才是保存成 POSCAR（因为格式转换了），而不是 “另存” Save 或 Save as

【注意】为了避免歧义或误解，我说的是新的 20 个原子的结构。你截图里选择的 “Do not search atoms beyond boundary” 不代表是你说的 20 个原子的新结构。很有可能还是你原来的不合理结构（盒子外面有距离太近的 C ）

你需要看看 POSCAR 里 C 原子的个数。

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:17:18

本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 09:28 编辑

乐平发表于 2024-9-24 06:47
你的 POSCAR 里只有 12 个 C 原子，优化不可能增加 C 原子

这样啊，但是我之前的poscar优化后的CONTCAR如下，我转成xyz的形式后显示有24个C.
因为我只有gjf文件，然后我要用vasp去计算自旋极化，去确定一下他的磁矩，所以需要POSCAR,我最初的GJF文件如下，因为要转POSCAR,所以我将它设成了三维的，就是最初给出的那个GJF,优化后的结构好像不太对，与Gaussian 优化得到的结构有很大差异，而且将CONTCAR转成.xyz的形式后显示有24个C.

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:21:33

本帖最后由乐平于 2024-9-24 09:30 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 09:17
这样啊，但是我之前的poscar优化后的CONTCAR如下，我转成xyz的形式后显示有24个C.

你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

转换成 .xyz 之后多出的 C 原子应该是 bug

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另外，你根本就不需要去转换成 .xyz 格式
VESTA 可以直接打开 POSCAR, CONTCAR；
VMD 也可以直接打开 POSCAR, CONTCAR，XDATCAR （注意，VMD 里要用 VASPS_XDTACAR5 格式）

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:32:26

本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 09:34 编辑

乐平发表于 2024-9-24 09:21
你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

那为啥转.xyz形式有24个C呢？contcar的图中好像也是24个

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:40:51

abu123 发表于 2024-9-24 09:32
那为啥转.xyz形式有24个C呢？contcar的图中好像也是24个

你仔细看我的回复……

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