水结冰分子动力学模拟中如何实现对冰分子数量的统计

panernie · 发表于 Post on 2024-9-30 23:04:32

各位老师好，近期在尝试抗冻蛋白研究，使用tip4p-ice模型，在263K条件下进行500ns发现水结冰，并且蛋白有助于抵抗冰晶的扩散。现在想通过统计每帧冰分子的数量来衡量蛋白的抗冻能力，据了解OVITO软件中有个Chill+算法，但是尝试许多次均为成功。请教各位老师是否还有其他的方法？感激不尽！

牧生 · 发表于 Post on 2024-10-1 08:14:45

如果你十分小白，但愿意花点钱，去闲鱼搜 chill+，有大神编了win版的chill+

Graphite · 发表于 Post on 2024-10-1 19:37:25

有个文献搞了个LICH算法，代码在github上是公开的。
数学算法的效果不错，比CHILL好用，但是代码（python）写的很烂，需要自己稍微改改。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-10-2 09:35:16

Ih的话直接用python包pyscal算q6就可以
参考：Homogeneous Ice Nucleation at Moderate Supercooling from Molecular Simulation

panernie · 发表于 Post on 2024-10-2 21:44:20

Lacrimosa 发表于 2024-10-2 09:35
Ih的话直接用python包pyscal算q6就可以
参考：Homogeneous Ice Nucleation at Moderate Supercooling from ...

谢谢

panernie · 发表于 Post on 2024-10-2 21:46:06

牧生发表于 2024-10-1 08:14
如果你十分小白，但愿意花点钱，去闲鱼搜 chill+，有大神编了win版的chill+

谢谢

panernie · 发表于 Post on 2024-10-2 21:46:29

Graphite 发表于 2024-10-1 19:37
有个文献搞了个LICH算法，代码在github上是公开的。
数学算法的效果不错，比CHILL好用，但是代码（python ...

谢谢，我试一下

panernie · 发表于 Post on 2024-10-2 21:53:35

Graphite 发表于 2024-10-1 19:37
有个文献搞了个LICH算法，代码在github上是公开的。
数学算法的效果不错，比CHILL好用，但是代码（python ...

您好，老师。方便提供相关文献或者github的脚本网站吗，感激不尽。我检索没检索到。

Graphite · 发表于 Post on 2024-10-3 10:28:00

本帖最后由 Graphite 于 2024-10-3 10:29 编辑

panernie 发表于 2024-10-2 21:53
您好，老师。方便提供相关文献或者github的脚本网站吗，感激不尽。我检索没检索到。

panernie · 发表于 Post on 2024-10-7 12:07:14

Graphite 发表于 2024-10-3 10:28
文章https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.1c01926
代码https://github.com/opakarin/lich-test
...

谢谢老师

lammps新手 · 发表于 Post on 前天 16:11

panernie 发表于 2024-10-7 12:07
谢谢老师

老师，请问你最后怎么算的冰分子数量呢？我也遇到了同样的问题，向您请教一下

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[综合交流] 水结冰分子动力学模拟中如何实现对冰分子数量的统计