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[配置讨论] 寻求一套兼顾vasp和生物核酸、蛋白质动力学模拟的服务器配置

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楼主
简要介绍一下情况,我和师弟二人都是工作了几年又回来读博的大龄博士,我博三,他博一,我物理,他生物,他是我前同时;他预计后面会做一些蛋白质之类的动力学模拟,我主要用vasp;中间经历了换导师换方向,申请超算核时,走流程用了两个月,然后申请来的核时不到俩月就用光了,还倒欠1W核时,深感时间紧张,核时不够用;大龄读博,压力山大,为了加快计算流程,节省时间,遂与师弟商量后,决定二人共同攒一台能兼顾这两个方面的服务器,预算5W以内。请求各位老师推荐,谢谢大家

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小屁孩

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发表于 Post on 2024-11-9 02:55:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-11-9 04:47 编辑

首先,从你的描述来看,你们完全是使用个人资金购机,个人的资金来之不易,能少花就少花,结合你们此前40000核时就可以使用近2个月的事实,我不认为现阶段你们需要5万元来购机。此外,你们大概率没有很多精力来配置slurm、搭建集群、做性能调优,因此我不会推荐必须正确配置slurm甚至必须熟悉集群搭建和管理才能使用的方案,即使其硬件层面的性价比更高或绝对性能更高。

对于VASP,虽然如今其GPU加速效率已经很好,但考虑到通用性和易用性,CPU-only仍是必备的兜底方案,因此需要1台专注于CPU-only计算的机器。
配置框架:
  • 2* AMD EPYC 7K62 无锁正式版,闲鱼,2*1650=3300元
  • 16* 32GB DDR4 3200MT/s RECC (超频条),淘宝“智信IT电子科技”(非广告,只因价格足够便宜,且本人已在此店购买过数十条此规格内存),16*190=3040元
  • 双路EPYC 7002/7003服务器准系统(如技嘉R282-Z91,若无电源,则自行去淘宝购买2个白菜价的长城CRPS 800W电源),闲鱼,<3000元
  • 若需要静音,则选择塔式工作站,自行选择双路SP3主板(如H12DSi-N6)和支持E-ATX的机箱,电源可选海韵或振华的750W及以上型号(此方案成本高于服务器准系统)
整台机器最多1万元出头即可搞定,运行任意并行效率较好的CPU-only程序的性能是你们此前使用的HPC单个计算节点的2倍以上。注意在BIOS的AMD CBS菜单中启用“L3 Cache as NUMA Domain”,配置完成后使用MLC测试内存带宽。

对于蛋白质MD,显然应该使用GPU。在GPU加速计算中,CPU单核性能会对GPU的性能发挥有比较明显的影响,且提交多任务的情况下如果没有使用正确配置的调度器(如slurm),极易出现任务之间冲突导致性能急剧降低的情况,因此需要另外配置1台GPU机器。
配置框架:
  • AMD Ryzen 7 7700 散片,淘宝,1349元
  • B650/B650M任意型号,京东自营,1000~1300元
  • 2* 16GB DDR5 6000MT/s CL30 光威,京东自营,599元
  • 索泰RTX 4080S,天猫旗舰店,6999~7399元
  • Seasonic Focus 850W ATX3(2024),京东自营,899元
整台机器1.3万元以内即可搞定,运行经典MD的性能是你们此前使用的HPC单个计算节点的许多倍。注意进入BIOS启用PBO和EXPO。
此机器可兼顾游戏娱乐需求,只需安装双系统。

关于SSD,可选择致态7100 1TB或2TB,或淘宝上一些高性价比企业级U.2 SSD,如Intel P4510 2TB。
关于大容量存储(跑蛋白质MD显然需要大容量存储),可在任意一台机器上安装WD HC560 20TB(淘宝2550元),另一台机器通过NFS挂载相应目录(两台机器通过2.5G或10G以太网直连,正确配置IP地址)。若GPU机器要兼顾游戏娱乐需求,则应当将HDD安装在CPU-only机器上。

以上总计约2.5万元,只有你所提及预算的一半。

注意:以上均为“配置框架”,未提及的配件可自行选择。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 15:03:50 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2024-11-9 02:55
首先,从你的描述来看,你们完全是使用个人资金购机,个人的资金来之不易,能少花就少花,结合你们此前4000 ...

确实以省心、易用、省钱为目的,谢谢老师提供的方案

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发表于 Post on 2024-11-11 10:29:34 | 只看该作者 Only view this author
技嘉R282-Z91最近超值,2999买的全新的没电源。直接支持7003。自己替换下风扇和散热器,噪音和性能都很给力。

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发表于 Post on 2024-11-12 16:14:39 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2024-11-9 02:55
首先,从你的描述来看,你们完全是使用个人资金购机,个人的资金来之不易,能少花就少花,结合你们此前4000 ...

大佬,准系统有推荐的店家吗

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