寻求一套兼顾vasp和生物核酸、蛋白质动力学模拟的服务器配置

答案galois

简要介绍一下情况，我和师弟二人都是工作了几年又回来读博的大龄博士，我博三，他博一，我物理，他生物，他是我前同时；他预计后面会做一些蛋白质之类的动力学模拟，我主要用vasp;中间经历了换导师换方向，申请超算核时，走流程用了两个月，然后申请来的核时不到俩月就用光了，还倒欠1W核时，深感时间紧张，核时不够用；大龄读博，压力山大，为了加快计算流程，节省时间，遂与师弟商量后，决定二人共同攒一台能兼顾这两个方面的服务器，预算5W以内。请求各位老师推荐，谢谢大家

Entropy.S.I

首先，从你的描述来看，你们完全是使用个人资金购机，个人的资金来之不易，能少花就少花，结合你们此前40000核时就可以使用近2个月的事实，我不认为现阶段你们需要5万元来购机。此外，你们大概率没有很多精力来配置slurm、搭建集群、做性能调优，因此我不会推荐必须正确配置slurm甚至必须熟悉集群搭建和管理才能使用的方案，即使其硬件层面的性价比更高或绝对性能更高。

对于VASP，虽然如今其GPU加速效率已经很好，但考虑到通用性和易用性，CPU-only仍是必备的兜底方案，因此需要1台专注于CPU-only计算的机器。
配置框架：

• 2* AMD EPYC 7K62 无锁正式版，闲鱼，2*1650=3300元
• 16* 32GB DDR4 3200MT/s RECC (超频条)，淘宝“智信IT电子科技”（非广告，只因价格足够便宜，且本人已在此店购买过数十条此规格内存），16*190=3040元
• 双路EPYC 7002/7003服务器准系统（如技嘉R282-Z91，若无电源，则自行去淘宝购买2个白菜价的长城CRPS 800W电源），闲鱼，<3000元
• 若需要静音，则选择塔式工作站，自行选择双路SP3主板（如H12DSi-N6）和支持E-ATX的机箱，电源可选海韵或振华的750W及以上型号（此方案成本高于服务器准系统）
  

整台机器最多1万元出头即可搞定，运行任意并行效率较好的CPU-only程序的性能是你们此前使用的HPC单个计算节点的2倍以上。注意在BIOS的AMD CBS菜单中启用“L3 Cache as NUMA Domain”，配置完成后使用MLC测试内存带宽。

对于蛋白质MD，显然应该使用GPU。在GPU加速计算中，CPU单核性能会对GPU的性能发挥有比较明显的影响，且提交多任务的情况下如果没有使用正确配置的调度器（如slurm），极易出现任务之间冲突导致性能急剧降低的情况，因此需要另外配置1台GPU机器。
配置框架：

• AMD Ryzen 7 7700 散片，淘宝，1349元
• B650/B650M任意型号，京东自营，1000~1300元
• 2* 16GB DDR5 6000MT/s CL30 光威，京东自营，599元
• 索泰RTX 4080S，天猫旗舰店，6999~7399元
• Seasonic Focus 850W ATX3(2024)，京东自营，899元
  

整台机器1.3万元以内即可搞定，运行经典MD的性能是你们此前使用的HPC单个计算节点的许多倍。注意进入BIOS启用PBO和EXPO。
此机器可兼顾游戏娱乐需求，只需安装双系统。

关于SSD，可选择致态7100 1TB或2TB，或淘宝上一些高性价比企业级U.2 SSD，如Intel P4510 2TB。
关于大容量存储（跑蛋白质MD显然需要大容量存储），可在任意一台机器上安装WD HC560 20TB（淘宝2550元），另一台机器通过NFS挂载相应目录（两台机器通过2.5G或10G以太网直连，正确配置IP地址）。若GPU机器要兼顾游戏娱乐需求，则应当将HDD安装在CPU-only机器上。

以上总计约2.5万元，只有你所提及预算的一半。

注意：以上均为“配置框架”，未提及的配件可自行选择。

答案galois

Entropy.S.I 发表于 2024-11-9 02:55
首先，从你的描述来看，你们完全是使用个人资金购机，个人的资金来之不易，能少花就少花，结合你们此前4000 ...

确实以省心、易用、省钱为目的，谢谢老师提供的方案

fantexi113

技嘉R282-Z91最近超值，2999买的全新的没电源。直接支持7003。自己替换下风扇和散热器，噪音和性能都很给力。

狗贼哪里跑

Entropy.S.I 发表于 2024-11-9 02:55
首先，从你的描述来看，你们完全是使用个人资金购机，个人的资金来之不易，能少花就少花，结合你们此前4000 ...

大佬，准系统有推荐的店家吗