求助统计聚合物间距离小于一定距离的原子数和对应帧数

凉才快 · 发表于 Post on 2024-11-14 20:18:17

在VMD中输入source distance.tcl能直接运行

distance.tcl (1.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 。输出结果如图：

试了下计算1.6万个原子和900个原子间的原子数，CPU只能跑10％左右，算一帧要1分钟，不知道能不能优化一下，一次多算几帧。红字部分数字依次对应统计起始帧数、统计截至帧数、聚合物1原子序号、聚合物2原子序号、两者距离(nm)。

# 遍历每一帧
for {set ifps 1} {$ifps <= 20000} {incr ifps} {
# 使用 atomselect 命令根据原子索引创建选择集
set sel1 [atomselect top "index 0 to 16699" frame $ifps]
set sel2 [atomselect top "index 16700 to 17607" frame $ifps]

# 初始化计数器
set count 0

# 遍历第二个区域中的所有原子
foreach j [$sel2 list] {
      # 遍历第一个区域中的所有原子
      foreach i [$sel1 list] {
         # 提取两个区域的原子序号
         set atom1 $i
         set atom2 $j
         # 计算两个原子之间的距离
         set tmpd [measure bond "$i $j" frame $ifps]
         # 如果距离小于3nm，则增加计数器
         if {$tmpd < 3.0} {
            incr count
         }
      }
}

lyj714 · 发表于 Post on 2024-11-14 22:11:42

考虑用vmd的within选择语法去做，而不是这种暴力遍历，纯纯浪费时间。另外tcl要并行比较难，可能要轨迹分割或者其他，也麻烦。

凉才快 · 发表于 Post on 2024-11-14 23:17:59

lyj714 发表于 2024-11-14 22:11
考虑用vmd的within选择语法去做，而不是这种暴力遍历，纯纯浪费时间。另外tcl要并行比较难，可能要轨迹分割 ...

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 12:38:38

如果GROMACS的mindist能实现你的目的，尽量用mindist，远比tcl脚本快得多得多

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

凉才快 · 发表于 Post on 2024-11-15 20:06:28

sobereva 发表于 2024-11-15 12:38
如果GROMACS的mindist能实现你的目的，尽量用mindist，远比tcl脚本快得多得多

参考北京科音分子动力学与 ...

好的，谢谢sob老师

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