Autodock 报错 ValueError: Could not find atomic number for G G

jingyongzhu

各位老师，我在使用Autodock进行多肽-蛋白对接

当我给一个配体(test.pdb)预处理加氢时，报错：
ValueError: Could not find atomic number for G G

我查看了test.pdb文件，发现结构中确实有两个G原子，编号41，42：

检索问题后发现这个报错可能是因为AD4_parameters.dat文件中没有G原子的信息，我google找到了一份较全的原子参数，补充进了AD4_parameters.dat中：

但依然有最初的报错，请问哪位老师可以指点迷津

KAIMISITERUI

如果有默认参数中没有的原子，需要在gpf文件中第一行加入：
parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file
并在当前目录下放置所需的AD4_parameters.dat 文件
另外，G是什么原子？

jingyongzhu

KAIMISITERUI 发表于 2024-12-9 18:10
如果有默认参数中没有的原子，需要在gpf文件中第一行加入：
parameter_file AD4_parameters.dat    # forc ...

您好，感谢您的认真回复及帮助。
我的问题发生于使用ADT预处理加氢这一步，所以还没有进行Grid生成GPF
当我尝试使用ADT对配体加氢，就会跳出Could not find atomic number for G G
于是我尝试用pymol加氢，直接导入ADT中，但在随后的Ligand-input-choose时，仍在抛出相同错误。

关于G是什么原子，这个G应该是环化物中一种C的表示，如默认AD4_parameters.dat参数中
atom_par G      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF
然后我也看Autodock的官方手册，里面一句提到
A special atom type “G” has been created for using this feature for ring closure simulations.
参考链接：https://autodock.scripps.edu/wp- ... 4.2.6_UserGuide.pdf  PDF第40页

我的pdb文件确实是一个环肽，所以我觉得问题还是在于：
存在G的参数，但无法识别这个G，我可能在哪一步疏漏了什么

现在陷入了一个较为迷茫的状态

c00jsw00

jingyongzhu 发表于 2024-12-10 11:19
您好，感谢您的认真回复及帮助。
我的问题发生于使用ADT预处理加氢这一步，所以还没有进行Grid生成GPF
...

cyclic peptide 不用這麼複雜吧..我之前計算cyclic peptide 除了建構 N-C端 胺基酸FF 之外..docking 就直接docking into receptor 就好了．．

jingyongzhu

c00jsw00 发表于 2024-12-10 12:10
cyclic peptide 不用這麼複雜吧..我之前計算cyclic peptide 除了建構 N-C端 胺基酸FF 之外..docking 就直 ...

你好，没有使用cyclic peptide是因为横向客户指定用auto dock，给了我们一份Autodock的结果，想让我们复现。当我把此问题抛给他们时，他们说不清楚。
我试图避免一些低级错误

KAIMISITERUI

jingyongzhu 发表于 2024-12-10 11:19
您好，感谢您的认真回复及帮助。
我的问题发生于使用ADT预处理加氢这一步，所以还没有进行Grid生成GPF
...

你搞错了，PDB文件最后一列是元素名称，没有“G”这种元素，当然会报错，你应该把pdb文件中的最后一列的G改成C

jingyongzhu

KAIMISITERUI 发表于 2024-12-10 12:48
你搞错了，PDB文件最后一列是元素名称，没有“G”这种元素，当然会报错，你应该把pdb文件中的最后一列的G ...

感谢您的回复。
无论是仅把最后一列的G改成C，还是把所有G处都改成C，都会出现math domain error

jingyongzhu

KAIMISITERUI 发表于 2024-12-10 12:48
你搞错了，PDB文件最后一列是元素名称，没有“G”这种元素，当然会报错，你应该把pdb文件中的最后一列的G ...

补充
1、仅把最后一列的G改成C：
ATOM     41  G   UNL     1       3.927   2.824  -1.067  1.00  0.00           C  
ATOM     42  G   UNL     1       3.390   2.360   0.290  1.00  0.00           C  
报错：math domain error
2、仅把第三列的G改成C：
ATOM     41  C   UNL     1       3.927   2.824  -1.067  1.00  0.00           G  
ATOM     42  C   UNL     1       3.390   2.360   0.290  1.00  0.00           G
报错：Could not find atomic number for G G
3、把所有G处都改成C：
ATOM     41  C   UNL     1       3.927   2.824  -1.067  1.00  0.00           C  
ATOM     42  C   UNL     1       3.390   2.360   0.290  1.00  0.00           C
报错：math domain error

而且我发现，这两行G，实际上记录的数值，都和该test.pdb中的两行C相同，所以可能应证了官方手册中关于环化物中C的一种表示的说法。

但我不知如何修改，我打算直接问给我提供这个文件的老师，这份文件就是她做的对接，然后分享给我的，让我复现。

如果能听到您其他的建议，就更好了，再次感谢。

KAIMISITERUI

jingyongzhu 发表于 2024-12-10 18:20
补充
1、仅把最后一列的G改成C：
ATOM     41  G   UNL     1       3.927   2.824  -1.067  1.00  0.0 ...

那是因为这两行G是多余的，如果改成C会导致有两个原子的坐标完全相同，这当然也会导致报错，所以应该把带G的直接删除

KAIMISITERUI

jingyongzhu 发表于 2024-12-10 18:20
补充
1、仅把最后一列的G改成C：
ATOM     41  G   UNL     1       3.927   2.824  -1.067  1.00  0.0 ...

原子类型（atom type）中确实有G，但那是存储在生成的pdbqt文件中，不应出现在原始结构的pdb文件中。要是只想单纯复现结果，不如直接找她要pdbqt文件，重新做个对接。