能量最小化总是在第19步停止

milk_q

这是最小化过程的log文件提示
以下是相关步骤
1、使用chemdraw画化学结构，chem3D保存为mol2

2、GFN2-xTB几何优化，xtb PPP8-Dex2.xyz --gfn 2 --opt --chrg 0 --uhf 0 --ohess --wfn
3、Multiwfn计算RESP，sobtop生成力场参数基于GAFF
4、搭建盒子，插入药物，填充水,执行最小化
gmx editconf -bt cubic -f P8-D2.gro -o P8-D2_box.gro -c -box 25
gmx insert-molecules -f P8-D2_box.gro -ci P8-D2.gro -nmol 24 -o P8-D2_25.gro
gmx solvate -cp P8-D2_25.gro -c spc216.gro -o P8-D2_25_solv.gro -p P8-D2.top
gmx grompp -f em_cg.mdp -c P8-D2_25_solv.gro -p P8-D2.top -o P8-D2_cg.tpr
gmx mdrun -v deffnm P8-D2_cg -ntomp 6
5、调整etoml 100、500、1000和nstep 5000、10000都在第19步停止

snljty2

停就停呗，动力学能跑起来没有问题就行。如果还要更彻底的能量极小化，得换重新编译的双精度版本Gromacs。

sobereva

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：