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[新手求助] 从findit里得到的晶体,放到高斯中计算是否需要再次优化?

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楼主
我最近在做Bi-O-I材料,参考了文献并从findit里面得到了该晶体,然后截出了一定大小的单位放入高斯想计算一下humo与lumo等性质。但是优化时老是报9999的错误(外层I、O原子补氢情况下);若是只补O元素的氢原子而不补I原子则stable一直报错。
我想请教各位像这种从晶体里取出某一单元的情况用stable检查是否有意义?(因为其不是分子)
另外由于我的原结构直接来自findit的库,这个结构已经是实际研究出来的准确结构,那么我能否不进行优化而直接计算能量等性质?(calcall都用了还是9999错误,实在没辙了)
初学计算,理解尚浅,希望大家能不吝赐教,在此提前谢过了!
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发表于 Post on 2017-2-17 11:43:38 | 只看该作者 Only view this author
晶体不能随便截取呀,一般都需要沿着一定的晶面切割,我的经验是如果不符合化学计量数通常就容易不收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-17 12:18:17 | 只看该作者 Only view this author
zblxyrz 发表于 2017-2-17 11:43
晶体不能随便截取呀,一般都需要沿着一定的晶面切割,我的经验是如果不符合化学计量数通常就容易不收敛

我是按照文献里提到的(0 0 1)方向cleave surface的,但是具体的也不太懂。如果我把断键的地方全补上H原子应该能符合计量数吧?
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发表于 Post on 2017-2-17 14:49:07 | 只看该作者 Only view this author
利用VASP或者Castep进行优化,不要用高斯

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-17 14:56:23 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-2-17 14:49
利用VASP或者Castep进行优化,不要用高斯

谢谢回答!但是我现在只会使用gaussian,想先用高斯简单的了解一下这个材料的性质,以后有进一步需要的时候再学习vasp。
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发表于 Post on 2017-2-17 18:33:26 | 只看该作者 Only view this author
不需要优化。真空下优化完了只会更糟,偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢,甚至于乱加还不如不加,反倒令边界电子结构和实际相符得更差

3L说的按照化学计量比去恰当截取这不是加不加氢的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-2-19 17:26:19 | 只看该作者 Only view this author
周期性任务交给高斯简直就是胡闹。
如果想截取晶体结构的一部分,搞成cluster,交给高斯计算倒是行,但是如果胡乱截取晶体也是胡闹。
如果暂时没有精力学习vasp,你还不如用傻瓜式计算软件dmol3呢
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 08:35:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wrtgcn 于 2017-2-20 08:53 编辑
sobereva 发表于 2017-2-17 18:33
不需要优化。真空下优化完了只会更糟,偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢,甚至于乱加还不如不加,反倒 ...

感谢老师的回答!我在网上看到截取片段需要加氢“封头”,这个补H的过程一般有什么原则吗?另外还想问您一下,这种情况下需要先算stable,还是通常我们计算的时候都不需要考虑stable?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 08:39:45 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2017-2-19 17:26
周期性任务交给高斯简直就是胡闹。
如果想截取晶体结构的一部分,搞成cluster,交给高斯计算倒是行,但是 ...

好的,我本来是想先简单了解一下材料的HOMO,LUMO情况。晶体截断后用高斯计算本身是没有意义的吗?
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发表于 Post on 2017-2-20 09:36:17 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-2-20 08:35
感谢老师的回答!我在网上看到截取片段需要加氢“封头”,这个补H的过程一般有什么原则吗?另外还想问您 ...


不是什么情况都是用氢来封的。对于有机体系,截断会把共价键打断,这时候往往用氢、甲基之类来封闭,但是离子晶体就不是这样了,在周围用数值合适的背景电荷来表现周围原子的影响往往更为合理。如果你不确定该怎么做,为保险索性用MS计算一下,有图形界面很简单。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-20 09:47:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-20 09:36
不是什么情况都是用氢来封的。对于有机体系,截断会把共价键打断,这时候往往用氢、甲基之类来封闭,但 ...

好的,谢谢您。
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发表于 Post on 2020-2-13 20:00:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-17 18:33
不需要优化。真空下优化完了只会更糟,偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢,甚至于乱加还不如不加,反倒 ...

sobereva老师您好,请问可以从晶体数据库得到某种有机化合物的晶体数据,如果想计算这种化合物的前线轨道,静电势或其他性质,还需要在高斯中用某个基组对这种晶体结构进行优化吗?还是不用优化,直接用晶体给出的空间结构算就行?谢谢

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发表于 Post on 2020-2-14 11:35:07 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-2-13 20:00
sobereva老师您好,请问可以从晶体数据库得到某种有机化合物的晶体数据,如果想计算这种化合物的前线轨道 ...

对氢原子优化,重原子保持不动
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发表于 Post on 2020-2-14 15:20:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-14 11:35
对氢原子优化,重原子保持不动

收到,感谢sobereva老师解答。

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