Amber加水报错

lujun · 发表于 Post on 2017-3-10 15:52:18

各位专家：
我在Amber中加水盒子时报错了：
solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]
我的命令是：
mypdb=loadpdb mypdb
solvateBox mypdb TIP3PBOX 15.0
loadpdb的时候没有报错，但是在solvateBox的时候就报了上面的错误。但是手册上就是这么做的。
谁能帮我解答一下，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-10 16:21:13

没载入溶剂的库文件。
运行list命令如果没显示有TIP3PBOX就没法这么运行。用过source leaprc.water.tip3p之后就会看到出现TIP3PBOX了。
仔细把官网上的教程看看，要看完整。

lujun · 发表于 Post on 2017-3-10 17:36:35

sobereva 发表于 2017-3-10 16:21
没载入溶剂的库文件。
运行list命令如果没显示有TIP3PBOX就没法这么运行。用过source leaprc.water.tip3p ...

我载入之后，不过导出top文件的时候却出了点问题：
For atom: .R<WAT 1968>.A<O 1> Could not find vdW (or other) parameters for type: OW
这个还需要导入力场么

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-10 19:00:18

lujun 发表于 2017-3-10 17:36
我载入之后，不过导出top文件的时候却出了点问题：
For atom: .R.A Could not find vdW (or other) para ...

肯定得载入力场参数啊
你先把官网的amber教程中的基础部分完整做一遍

lujun · 发表于 Post on 2017-3-10 22:06:59

sobereva 发表于 2017-3-10 19:00
肯定得载入力场参数啊
你先把官网的amber教程中的基础部分完整做一遍

非常感谢，总算是搞定了，我之前一直是按tutorial上的这个例子来做的：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1_orig/section3.htm
这里面在source leaprc.ff99的时候，就已经有了各个水的模型，list有显示，而且tip3p的力场参数就是在parm99.dat里面。所以都不用指定。
但是我用的GAFF力场，所以这些都没有，要靠自己添加。自己没有注意这些差别。
本质上其实创建一个水的lib和frcmod就可以了。我是直接拷贝了solvents.lib，同时拷贝了tip3p的力场。这样就没有报错了。
不过在parm下面我看frcmod.tip3pf的参数很奇怪：
This is TIP3P (model F) of Price and Brooks, JCP 121:10096, 2004
MASS
OW 16.0

BOND
OW-HW  553.0 0.9572    TIP3P water
HW-HW  553.0 1.5136    TIP3P water

ANGLE

DIHE

NONBON
  OW    1.7926 0.098
没有键角部分的。我是直接参考parm99.dat里面的tip3p的力场。
看来amber和gromacs其实也差不多，gromacs是直接把残基和力场全部写到相应的文件中去。amber需要相应的lib和frcmod。

therotyonth · 发表于 Post on 2017-3-14 22:05:25

amber16里面需要加载两个文件leaprc.protein.ff14SB and leaprc.water.tip3p
amber12里面只需要加载leaprc.ff99SB。
amber14印象中是要leaprc.ff14SB and frcmod.ionsjc_tip3p

agent99 · 发表于 Post on 2017-3-15 04:16:26

lujun 发表于 2017-3-10 22:06
非常感谢，总算是搞定了，我之前一直是按tutorial上的这个例子来做的：http://ambermd.org/tutorials/adv ...

没有键角项是因为用H-H的“键”长项代替了。反正tip3p的水是rigid的，这两种定义是等效的。不知是否是为了SHAKE方便些？

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-15 15:07:45

therotyonth 发表于 2017-3-14 22:05
amber16里面需要加载两个文件leaprc.protein.ff14SB and leaprc.water.tip3p
amber12里面只需要加载leaprc ...

如果在tleap中载入两个力场会不会有问题。
我antechamber的时候参考的是gaff力场。mol2里面的原子类型应该和amber力场不一样。
在生成top时参考原子类型应该不会冲突。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-15 17:00:56

kjxwl3 发表于 2017-3-15 15:07
如果在tleap中载入两个力场会不会有问题。
我antechamber的时候参考的是gaff力场。mol2里面的原子类型应 ...

Amber原子类型是的大写，GAFF是小写，同时载入不会冲突

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