ORCA 4.0.0 Linux版安装记录

ChrisZheng

Linux版安装记录

操作系统Arch Linux。感谢李老师的分享。

解压ORCA到/opt：

1. sudo tar -xjf "orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz" -C /opt

复制代码

另外，对于新版Windows的压缩包，在当前目录解压的命令是：

1. zstd -d "orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar.zst" --no-sparse
   
2. tar xvf orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar

复制代码

解压openmpi：

1. tar -xzf "openmpi-2.0.2.tar.gz" -C /tmp

复制代码

编译安装openmpi：

1. cd /tmp/openmpi-2.0.2/
   
2. ./configure --prefix=/opt/openmpi
   
3. sudo make -j 4 install

复制代码

小试一把

运行计算前首先设置环境：

1. export PATH=/opt/openmpi/bin:/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/:${PATH};
   
2. export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH};

复制代码

然后计算：

1. "/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca" "/tmp/TPSSh/TPSSh-SVP.inp" > TPSSh-SVP.out

复制代码

其中TPSSh-SVP.inp的内容是：

1. ! TPSSh D3 def2-SVP def2/J gCP(DFT/SVP) RIJCOSX KDIIS TightSCF Grid4 NoFinalGrid Opt Pal4 NoPOP
   
2. %MaxCore 800
   
3. !CPCM(Methanol)
   
4. %cpcm
   
5.   smd true
   
6.   solvent "Methanol"
   
7. end
   
8. * xyzfile 1 1 TPSS-TZVP.xyz

复制代码

几点感受：

• 没有感觉明显的速度提升。
• 对于配合物还是得用 ! KDIIS 。
  

流水帐，希望能帮到别人。话说论坛发帖不能用Markdown么

liyuanhe211

经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→  当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

冰释之川

liyuanhe211 发表于 2017-3-16 20:54
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→  当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

我怎么记得4.0.0大幅优化了SCF

yjcmwgk

liyuanhe211 发表于 2017-3-16 20:54
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→  当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

你应该回复这样子才好啊
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s  当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→
如果能设置黑幕就更王道了鼠标一移上去就显示“你知道的太多了”这种文字

化学势

为啥我之前25hours的任务变成了只要12hours

ChrisZheng

化学势 发表于 2017-3-18 09:48
为啥我之前25hours的任务变成了只要12hours

可能和用的方法有关，请问您算的是什么？

youyno

我也分享个ORCA-4.0运行的PBS脚本，亲测可用，需要按照自己的安装情况进行修改：
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V
#PBS -q batch

# User defined variables
# Add any files here which are needed by ORCA.
# At a minimum, you need the .inp file, which must be first.
files=( "test.inp" )               

cwd=$PBS_O_WORKDIR

export RSH_COMMAND="ssh"

source /etc/profile.d/modules.sh

# Load Orca and included openmpi modules
export PATH=/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64:$PATH
export PATH=/opt/openmpi202/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi202/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/opt/openmpi202/share/man:$MANPATH

# Get the full path to orca (helps with mpi problems)
export ORCA_EXEC=/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca

# Internal variables for creating scratch dir
input=${files[0]}
NodeList=( $(cat "$PBS_NODEFILE" | sort | uniq -c) )
ExecHost=$(hostname -s)
JobID=$(echo -n "$PBS_JOBID"|cut -d'.' -f1)
SCRDIR="/tmp/orcajob/$input"

# Create scratch dir
for (( i=0 ; i < ${#NodeList[@]} ; i++ ))
do
        ((i++))
        if [[ ${NodeList[$i]} == "$ExecHost" ]] ; then
                mkdir -p "$SCRDIR"
        else
                ssh -x -n "${NodeList[$i]}" "mkdir -p $SCRDIR"
        fi
done

echo Starting job: "$(date)"
echo Job number: "$(echo "$JobID")"

# Create .nodes file and copy to SCRDIR
cp "$PBS_NODEFILE" "$cwd/${input:0:${#input}-4}.nodes"
cp "$cwd/${input:0:${#input}-4}.nodes" "$SCRDIR"

for file in "${files[@]}"
do
        cp "$cwd/$file" "$SCRDIR/"
done

# cd to scratch dir and start orca

cd "$SCRDIR"
$ORCA_EXEC "$input" > "$cwd/${input:0:${#input}-4}.out"


# orca finished, copy output to user dir
cp "$SCRDIR"/*.* "$cwd"

# remove scratch dir
for (( i=0 ; i < ${#NodeList[@]} ; i++ ))
do
        ((i++))
        if [[ ${NodeList[$i]} == "$ExecHost" ]] ; then
                rm -rf "$SCRDIR"
        else
                ssh -x -n "${NodeList[$i]}" "rm -rf $SCRDIR"
        fi
done

# All done
echo Finish: "$(date)"

化学势

ChrisZheng 发表于 2017-3-18 13:22
可能和用的方法有关，请问您算的是什么？

DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

ChrisZheng

化学势 发表于 2017-3-18 13:33
DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

可能DLPNO的方法有比较大提升，而DFT提升空间不大了。

KiritsuguPapa

yjcmwgk 发表于 2017-3-17 11:59
你应该回复这样子才好啊
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s  当然就是在误差范围之内毫无变化而 ...

萌娘百科 没想到

agent99

youyno 发表于 2017-3-18 13:27
我也分享个ORCA-4.0运行的PBS脚本，亲测可用，需要按照自己的安装情况进行修改：
#!/bin/bash
#PBS -S /b ...

感谢mpi那个fix，亲测orca确实需要full path才可以正常跑并行任务

xujian

请问楼主，这么安装的话是不是要放到tmp文件下才能并行？

ChrisZheng

xujian 发表于 2017-8-16 10:30
请问楼主，这么安装的话是不是要放到tmp文件下才能并行？

不是的。你产生这种误解可能是因为我把openmpi解压到/tmp下了，以及我的例子代码也是在/tmp。其实，openmpi只是解压到了/tmp，下一步安装的时候是安装到了/opt/openmpi，后面的环境配置也是这样的。在/tmp里跑运算就是我的一个坏习惯，你也可以在别的地方跑。

祝您使用愉快

xujian

ChrisZheng 发表于 2017-8-16 14:25
不是的。你产生这种误解可能是因为我把openmpi解压到/tmp下了，以及我的例子代码也是在/tmp。其实，openm ...

谢谢您，我现在就是遇到不能并行的情况，我再捣鼓捣鼓

ChrisZheng

xujian 发表于 2017-8-16 14:54
谢谢您，我现在就是遇到不能并行的情况，我再捣鼓捣鼓

1. openmpi是否正确安装？版本？路径？权限？环境变量？
2. 命令打的对不对？是直接输命令还是通过提交脚本？直接输命令是不是用的绝对路径？
3. 输入文件对不对？先用最简单的输入文件试试？
4. 操作系统是不是正常？

祝您好运。