求助：过渡态优化时六元糖环意外开环

LBH0532 · 发表于 Post on 2025-7-31 23:27:26

本帖最后由 LBH0532 于 2025-7-31 23:29 编辑

各位老师好，我在仿照Yousfi, Y., Benchouk, W. & Mekelleche, S.M. Understanding the regioselectivity of the copper(I)- and ruthenium(II)- catalyzed [3 + 2] cycloadditions of azido derivative of ribose with terminal alkyne: a theoretical study. Theor Chem Acc 140, 4 (2021). https://link.springer.com/article/10.1007/s00214-020-02693-x 做葡萄糖衍生物叠氮炔click反应的能垒研究，使用的计算级别是6-31G（d），Cu使用LanL2DZ
利用核糖的TS1当作初猜计算对照组葡萄糖衍生物的TS1但是发现g09优化过程中会让葡萄糖六元环开环，不符合实际，请问有何解决方案？

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-8-1 00:08:38

本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-1 00:26 编辑

过渡态计算对初始构象很敏感，初始结构不佳的时候出现这种情况很正常。可以试试看用冻结反应的关键位置，单独优化你改动的部分。然后再放开冻结找TS
这种断键/形成键的过渡态也很适合做柔性扫描来找过渡态，可以看看《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
此外，这种涉及过渡金属的体系我会推荐把结构优化的计算级别换成PBE0-D3(BJ)/def2-SVP

LBH0532 · 发表于 Post on 2025-8-1 00:35:55

Stardust0831 发表于 2025-8-1 00:08
过渡态计算对初始构象很敏感，初始结构不佳的时候出现这种情况很正常。可以试试看用冻结反应的关键位置，单 ...

好的，谢谢老师，我尝试一下

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-8-1 04:29:09

LBH0532 发表于 2025-8-1 00:35
好的，谢谢老师，我尝试一下

我对您帖子中的这个体系很感兴趣，自发的帮您算好了PBE0-D3(BJ)/def2-SVP档次的过渡态，并将计算思路与流程整理成了一篇新的帖子，目前正在审核中。希望对你有帮助！
《使用柔性扫描与半经验DFT辅助搜索有机反应过渡态经验分享》
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=58653
(出处: 计算化学公社)

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