如何解决CP2K任务运行过程中突然中止的问题

shibanfish

各位老师好，最近我在用CP2K跑Pt/CeO2(100)的AIMD模拟，但任务刚进行到一本就报了如下所示的错误：

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x15147203e72f in ???
#1  0x15147976c457 in ???
#2  0x1514796dc02b in ???
#3  0x15147913af52 in ???
#4  0x15147918f302 in ???
#5  0x151478e7a4e5 in ???
#6  0x151478e5ead0 in ???
#7  0x151478e5d987 in ???
#8  0x151478e5cc2c in ???
#9  0x31e9812 in cp_fm_syevd_base
        at /home/software/cp2k/src/fm/cp_fm_diag.F:571
#10  0x31ec07f in __cp_fm_diag_MOD_cp_fm_syevd
        at /home/software/cp2k/src/fm/cp_fm_diag.F:413
#11  0x31ec9f3 in __cp_fm_diag_MOD_choose_eigv_solver
        at /home/software/cp2k/src/fm/cp_fm_diag.F:195
#12  0x134add6 in __qs_scf_methods_MOD_eigensolver
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf_methods.F:221
#13  0x220ac57 in __qs_scf_diagonalization_MOD_general_eigenproblem
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf_diagonalization.F:255
#14  0x220b83f in __qs_scf_diagonalization_MOD_do_general_diag
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf_diagonalization.F:335
#15  0x134550d in __qs_scf_loop_utils_MOD_qs_scf_new_mos
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf_loop_utils.F:250
#16  0x1321982 in __qs_scf_MOD_scf_env_do_scf
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf.F:498
#17  0x13307f7 in __qs_scf_MOD_scf
        at /home/software/cp2k/src/qs_scf.F:247
#18  0x108594b in __qs_energy_MOD_qs_energies
        at /home/software/cp2k/src/qs_energy.F:112
#19  0x10aae77 in qs_forces
        at /home/software/cp2k/src/qs_force.F:197
#20  0xbe3dfb in __force_env_methods_MOD_force_env_calc_energy_force
        at /home/software/cp2k/src/force_env_methods.F:258
#21  0x61d308 in qs_mol_dyn_low
        at /home/software/cp2k/src/motion/md_run.F:371
#22  0x61e1e1 in __md_run_MOD_qs_mol_dyn
        at /home/software/cp2k/src/motion/md_run.F:149
#23  0x4ff4d2 in cp2k_run
        at /home/software/cp2k/src/start/cp2k_runs.F:388
#24  0x504459 in __cp2k_runs_MOD_run_input
        at /home/software/cp2k/src/start/cp2k_runs.F:997
#25  0x4fdf33 in cp2k
        at /home/software/cp2k/src/start/cp2k.F:379
#26  0x4d613c in main
        at /home/software/cp2k/src/start/cp2k.F:44
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
请问这是哪方面的问题呢？是编译过程中的问题吗？我该怎么解决？
inp、cif文件和日志文件如下

sobereva

输入文件没大问题，应当是运行环境或编译的问题

注意对Ce用Ueff=7eV，对于CP2K而言太大了，这事在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里我也专门说过，看下面的幻灯片。CP2K基于GTH赝势基组计算切勿随便套用平面波程序的Ueff。并且建议用CSVR热浴而不要用NOSE

shibanfish

好的，谢谢卢老师！我回头再找咱们公社的帖子并按照帖子重新安装CP2K

shibanfish

各位老师好，软件安装的问题解决了，但任务跑到一半时自动终止了，还报了如下错误。
-------------------------------------------------------------------------------
-                                                                             -
-                                DBCSR STATISTICS                             -
-                                                                             -
-------------------------------------------------------------------------------
COUNTER                                    TOTAL       BLAS       SMM       ACC
flops    26 x    23 x    23             18925504       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    25 x    25             22360000       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    23 x    23             79002976       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    25 x    25             93340000       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    23 x    23            102380544       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    25 x    25            120960000       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    32 x    32           5275385856       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    32 x    32          22021668864       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    23 x    26          24895986232       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    25 x    26          26123411600       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    32 x    32          28538044416       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    26 x   119          29070209168       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    26 x   121          29558784112       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    23 x    13          33896101512       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    23 x    26          33896101512       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    25 x    13          35571103100       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    25 x    26          35571103100       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    13 x   119          38507336140       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    26 x   119          38872873676       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    13 x   121          39154518260       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    26 x   121          39526199284       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x   119          44297720012       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x   121          45377467674       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x   119          91823613952       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x   121          93306278912       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x   119         127790417664       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    23 x    42         128860149600       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    23 x    26         128860149600       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x   121         130469657472       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x   119         134828277584       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x   119         135148426140       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    25 x    42         135213351000       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    25 x    26         135213351000       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x   121         138204374352       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x   121         138532539420       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    23 x    13         144713499762       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    42 x   119         146902835352       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    26 x   119         147189240744       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    42 x   121         149371790568       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    26 x   121         149663009496       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    25 x    13         151845502900       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    13 x   119         166509507164       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    13 x   121         169307986276       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x    96         250151830656       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x    96         252013704768       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   119         264893497344       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   121         268274958336       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x   119         271211562440       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x   121         278002693320       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   119         279482097664       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   119         280145725440       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x   119         281209817728       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   121         284179275776       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   121         284854056960       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x   121         285750479168       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    26 x    96         328322362368       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x   596         334378514496       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x   596         338211528768       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    13 x    96         434906384640       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    26 x    96         439034808576       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x   596         463491682368       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x   596         464592239280       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x   596         467244651456       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x   596         468354119760       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x    96         518196854784       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x    96         518533349376       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    23 x    13         525398414268       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    23 x    42         525398414268       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    25 x    13         551288829000       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    25 x    42         551288829000       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   119         562187530240       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x   606         566648153760       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   121         571636060160       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x   128         571775612928       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x   606         573143698080       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x   128         576031325184       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    42 x   119         595324794792       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    13 x   119         603708649908       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    42 x   121         605330253528       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    13 x   121         613855013772       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x   596         693124694016       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x   596         695438966784       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x    96         721640005632       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x    96         724591816704       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    23 x    42         728566659072       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    26 x   128         750451113984       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x    96         761383214592       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x    96         763191112320       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    25 x    42         764486553600       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x    96         767548260864       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x    96         769370797440       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x   606         785447314080       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x   606         787312351800       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x   606         791807211360       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x   606         793687350600       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   119         811236335616       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   121         821592059904       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    42 x   119         837161801280       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    42 x   121         851231747520       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   119         855913924096       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   119         857946284160       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   121         870299032064       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   121         872365549440       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x   596         932328926880       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x   596         939878148960       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x   596         964617818112       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x   596         972428488704       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   247 x   580         976205730240       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   249 x   580         987396073920       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    13 x   128         994071736320       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    26 x   128        1003508133888       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x   606        1174590504960       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x   606        1178512343040       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x   128        1184449953792       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x   128        1185219084288       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x   580        1353146857920       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x   580        1356359893200       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x   580        1364103512640       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x   580        1367342564400       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x    96        1531547646720       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x    96        1543948842240       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x   606        1579953382800       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x    96        1586977867776       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x    96        1588008382464       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x   606        1592746527600       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x   606        1634671134720       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x   606        1647907338240       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x   128        1649462870016       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x   128        1656209866752       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    42 x    96        1659137905152       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    26 x    96        1662372601344       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   119        1721699311360       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   247 x   128        1740304490496       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   247 x   128        1744436828160       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   121        1750635434240       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   249 x   128        1754396024832       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   249 x   128        1758561822720       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    13 x    96        1880577963264       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   596        1921520173056       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   596        1926082805760       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   256 x   580        2023551959040       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   256 x   580        2030308392960       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x   596        2122694375424       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x   596        2129781835776       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x   580        2721899887200       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x   580        2743939562400       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   247 x   580        2816166113280       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   249 x   580        2838969077760       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x    96        2985792897024       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x    96        3156503691264       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x    96        3163998781440       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   606        3256267407360       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   606        3263999385600       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   247 x   128        3500680335360       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   249 x   128        3529025925120       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x   606        3597183421440       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x   606        3609194050560       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x   128        3627377983488       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x   128        3629733445632       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    42 x   128        3792315211776       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    26 x   128        3799708803072       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   596        3865201704960       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   596        3999063343104       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    13 x   128        4298463916032       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    32 x    26        4901461972992       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   580        5609807216640       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   580        5623127654400       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   596        5884655529984       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   596        5898628592640       0.0%    100.0%      0.0%
flops   599 x   224 x   580        6197127874560       0.0%    100.0%      0.0%
flops   601 x   224 x   580        6217819453440       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x    96        6349412106240       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   606        6550090137600       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    32 x    13        6673737987072       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    32 x    26        6673737987072       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    42 x    96        6723668270592       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   606        6776936202240       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    13 x    96        6818356516608       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   128        6824669478912       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   256 x   128        7214865580032       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   256 x   128        7231997214720       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x    96        9143990747136       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    42 x    96        9455003873280       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x    96        9666792554496       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x    96        9689746268160       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   606        9972318935040       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   606        9995998118400       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   580       11284313702400       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   256 x   580       11675117813760       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   596       11837180221440       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   596       12247131488256       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   256 x   128       14512941957120       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    42 x   128       15368384618496       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    13 x   128       15584814895104       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   580       17180034600960       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   580       17220828441600       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x    96       19445074575360       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   606       20059651046400       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   606       20754367119360       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   128       20900550279168       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    42 x   128       21611437424640       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2948 x   224 x   128       22095525838848       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2955 x   224 x   128       22147991470080       0.0%    100.0%      0.0%
flops    26 x    32 x    42       25369687848960       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    32 x    26       25369687848960       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    32 x    13       28490599088640       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   580       34558210713600       0.0%    100.0%      0.0%
flops   576 x   224 x   580       35755048304640       0.0%    100.0%      0.0%
flops  2965 x   224 x   128       44445884743680       0.0%    100.0%      0.0%
flops    13 x    32 x    42      103437993544704       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    32 x    13      103437993544704       0.0%    100.0%      0.0%
flops    42 x    32 x    42      143438453932032       0.0%    100.0%      0.0%
flops inhomo. stacks              60865288890336     100.0%      0.0%      0.0%
flops total                         1.212574E+15       5.0%     95.0%      0.0%
flops max/rank                     33.334144E+12       5.1%     94.9%      0.0%
matmuls inhomo. stacks                    194400     100.0%      0.0%      0.0%
matmuls total                        12149101842       0.0%    100.0%      0.0%
number of processed stacks              23432110       0.8%     99.2%      0.0%
average stack size                                     1.0     522.8       0.0
marketing flops                     1.469149E+15
-------------------------------------------------------------------------------
# multiplications                           6984
max memory usage/rank               1.880539E+09
# max total images/rank                        5
# max 3D layers                                1
# MPI messages exchanged                 9218880
MPI messages size (bytes):
  total size                        20.395751E+12
  min size                           0.000000E+00
  max size                          14.445480E+06
  average size                       2.212389E+06
MPI breakdown and total messages size (bytes):
             size <=      128               59520                        0
       128 < size <=     8192                   0                        0
      8192 < size <=    32768                1920                 57066240
     32768 < size <=   131072                   0                        0
    131072 < size <=  4194304             8288400            9809335504920
   4194304 < size <= 16777216              869040           10585760947272
  16777216 < size                               0                        0
-------------------------------------------------------------------------------

*** WARNING in dbcsr_mm.F:291 :: Using a non-square number of MPI ranks ***
*** might lead to poor performance. Used ranks: 40 Suggested: 36 81     ***

-------------------------------------------------------------------------------
-                                                                             -
-                      DBCSR MESSAGE PASSING PERFORMANCE                      -
-                                                                             -
-------------------------------------------------------------------------------
ROUTINE             CALLS      AVE VOLUME [Bytes]
MP_Bcast              213                     12.
MP_Allreduce        37327                     53.
MP_Alltoall         26783                 859060.
MP_ISend           526854                1049170.
MP_IRecv           521416                1050537.
-------------------------------------------------------------------------------

-------------------------------------------------------------------------------
-                                                                             -
-                                DBM STATISTICS                               -
-                                                                             -
-------------------------------------------------------------------------------
    M  x    N  x    K                                          COUNT     PERCENT
-------------------------------------------------------------------------------

-------------------------------------------------------------------------------
-                                                                             -
-                                GRID STATISTICS                              -
-                                                                             -
-------------------------------------------------------------------------------
LP    KERNEL             BACKEND                              COUNT     PERCENT
6     collocate ortho    CPU                              138045000      25.74%
6     integrate ortho    CPU                              126804236      23.65%
8     collocate ortho    CPU                               72346874      13.49%
8     integrate ortho    CPU                               67250118      12.54%
4     collocate ortho    CPU                               39170382       7.30%
4     integrate ortho    CPU                               35839838       6.68%
7     integrate ortho    CPU                               22868070       4.26%
7     collocate ortho    CPU                               13042000       2.43%
5     integrate ortho    CPU                                8576182       1.60%
5     collocate ortho    CPU                                5967568       1.11%
9     integrate ortho    CPU                                5715870       1.07%
0     collocate general  CPU                                 327600       0.06%
1     integrate general  CPU                                 305760       0.06%
-------------------------------------------------------------------------------

MEMORY| Estimated peak process memory [MiB]                                1770
请问这是出了什么问题？我该如何解决