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[NAMD] 自由度是如何计算的

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本帖最后由 songsong 于 2017-4-11 02:33 编辑

运行namd-tutorial 1-2-sphere, 得到.log文件

Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 6682 ATOMS
Info: 4871 BONDS
Info: 4074 ANGLES
Info: 3293 DIHEDRALS
Info: 204 IMPROPERS
Info: 74 CROSSTERMS
Info: 0 EXCLUSIONS
Info: 6080 RIGID BONDS
Info: 13966 DEGREES OF FREEDOM

搞不明白其中的自由度是如何计算的,按照3N(3*Atoms)应该是20046,
请教各位老师,蛋白质的自由度是用什么公式计算的。

谢谢

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发表于 Post on 2017-4-11 02:36:52 | 只看该作者 Only view this author
里面有6080个rigid bonds,6682*3-6080=13966

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发表于 Post on 2017-4-11 09:34:52 | 只看该作者 Only view this author
计算自由度时候要把被约束的几何变量去掉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-11 18:09:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢两位老师的指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-3 17:05:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-11 09:34
计算自由度时候要把被约束的几何变量去掉

请问sob老师,有哪个程序能直接计算出大分子的自由度吗?

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发表于 Post on 2021-11-4 14:35:15 | 只看该作者 Only view this author
songsong 发表于 2021-11-3 17:05
请问sob老师,有哪个程序能直接计算出大分子的自由度吗?

3*N-Nc-6,手算就完了
N是原子数,Nc是模拟过程中被约束的变量数(诸如约束一个键的键长不变,Nc就加1)。没有任何约束就是3*N-6,即内坐标的数目。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-5 15:46:50 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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