求助：已达平衡的体系跑产生相时又不平衡

oillio · 发表于 Post on 2025-9-4 09:57:08

本帖最后由 oillio 于 2025-9-4 10:04 编辑

各位老师好，我在模拟一个纯有机物组成的体系。在经过最小化后我进行了1大气压、40℃下的10ns的平衡相模拟（40_10ns_NPT.mdp），利用gmx energy命令确认温度压力已达平衡后我又进行了20ns的产生相模拟（40_md.mdp），但跑完产生相在VMD中一看盒子震荡的厉害，用energy查看产生相的温度压力发现非常偏离预期值。想求助各位老师我的问题出在哪里？

KazusaT · 发表于 Post on 2025-9-4 11:26:32

平衡相的时候energy输出设的太大了吧，并且也不应该只看gmx energy的输出结果，还要看一看曲线吧

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-4 18:58:09

没续跑方式细节说明，没法判断你是否真正以合理的方式续跑
压浴可以用c-rescale，此时不需要再区分平衡相和产生相分别使用不同压浴

oillio · 发表于 Post on 2025-9-5 09:29:27

sobereva 发表于 2025-9-4 18:58
没续跑方式细节说明，没法判断你是否真正以合理的方式续跑
压浴可以用c-rescale，此时不需要再区分平衡相 ...

产生相
gmx grompp -f 40_10ns_NPT.mdp -c em.gro -p topol.top -o 40_10ns_NPT.tpr
gmx mdrun -v -deffnm 40_10ns_NPT

平衡相
gmx grompp -f 40_md.mdp -c 40_10ns_NPT.gro -p topol.top -o 40_md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm 40_md

老师我尝试在产生相也用了Berendsen压浴，这次没有出现产生相不平衡的情况了。这样做可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-5 11:45:58

oillio 发表于 2025-9-5 09:29
产生相
gmx grompp -f 40_10ns_NPT.mdp -c em.gro -p topol.top -o 40_10ns_NPT.tpr
gmx mdrun -v -d ...

产生相用Berendsen通常并没任何实际问题，但可能遇到较真的审稿人bb。c-rescale就没这问题，比Berendsen更理想，全阶段都能用因此不需要刻意分阶段

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