如何评价共价分子的成键可能性？

Azrael · 发表于 Post on 2025-9-12 14:51:22

各位老师，我现在有一个分子结合在磷酸催化位点，我希望设计一个不饱和醛酮弹头和位点周围的Cys共价，已用Covalent Dock评估成键的可能性，得到共价对接成功的复合物。

但是我更想通过动态计算该键的形成过程，从而去评估该共价键是否真的能够形成，请问各位老师利用什么程序或者方法能实现这个过程呢？

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-12 19:00:35

本帖最后由 student0618 于 2025-9-12 19:09 编辑

涉及成键要用QM/MM。

文献也有不少相关计算，模拟non-covalent -> 成键 (如用QM/MM) -> 成键后3个stage。

简单的话可讨论Non-covalent跟成键后2个stage的pose，成键后当作non-standard residue。

Azrael · 发表于 Post on 2025-9-18 23:54:48

student0618 发表于 2025-9-12 19:00
涉及成键要用QM/MM。

文献也有不少相关计算，模拟non-covalent -> 成键 (如用QM/MM) -> 成键后3个stage ...

谢谢老师!

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