计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 442|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

请问ChemDraw给出的小分子核磁谱是否可信

[复制链接 Copy URL]

30

帖子

0

威望

615

eV
积分
645

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 xcgotk 于 2025-9-17 13:08 编辑

请问ChemDraw给出的小分子核磁谱是否可信
两个简单小分子拼接得到的产物的核磁是否可信
与使用论坛内的方法计算的核磁有什么区别(使用Multiwfn绘制NMR谱 - 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) - 计算化学公社
希望各位不吝赐教


关于可信,我想知道能否放到论文中和实际做出来的核磁作为参考,比如两个已有的小分子A、B使用ChemDraw生成(如果不行就认真学习上述帖子中的计算方法或者也做核磁),判断AB复合物中少了和多了的峰,同时AB复合物也用ChemDraw生成一个作为参考

4279

帖子

4

威望

9477

eV
积分
13836

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

2#
发表于 Post on 2025-9-17 13:00:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-9-17 13:01 编辑

那是经验规则生成的,一般供实验人员参考,点点鼠标快速出结果,做核磁实验前有个预期,省时间,不可以作为定量计算结果,也不可以拿来当核磁结果报道。

“论坛内的方法计算的核磁”这个太含糊了。如果指的是量子化学/第一性原理计算获得的核磁数据,那比经验规则严谨多了。但在实际应用时还要考虑构象多样性,因为每次只是计算一帧结构的NMR化学位移,对于柔性体系(大量构象之间可以互相转换)需要计算很多帧结构 然后做构象平均。当然构象平均也有不同的做法,与此贴关系不大。

“可信”这个描述也是含糊的。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

30

帖子

0

威望

615

eV
积分
645

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-17 13:08:44 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-9-17 13:00
那是经验规则生成的,一般供实验人员参考,点点鼠标快速出结果,做核磁实验前有个预期,省时间,不可以作为 ...

感谢您的回复,我在原帖进行了补充,请您指教

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-9-18 02:28:05 | 只看该作者 Only view this author
chemdraw只对于成键方式很普通的刚性有机分子,基本上总是能给出合理的结果。其它情况,chemdraw预测的自己不放心,别人也会质疑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

30

帖子

0

威望

615

eV
积分
645

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-18 11:18:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-18 02:28
chemdraw只对于成键方式很普通的刚性有机分子,基本上总是能给出合理的结果。其它情况,chemdraw预测的自己 ...

辛苦卢老师移动分类,感谢您的回复

95

帖子

0

威望

465

eV
积分
560

Level 4 (黑子)

开心小鲨鱼 ORCA的饲养员/食物

6#
发表于 Post on 2025-9-18 22:27:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2025-9-18 22:30 编辑

我也是研究普通有机分子,chemdraw预测的我感觉不太靠谱,就是说,定量不到具体化学位移,我感觉有时候误差和实验能有1-2个ppm。但是定性可以,比如有几组氢,化学位移从大到小顺序是XXXXX,可以用于初步找峰,要不实验的峰找起来费时间。这个预测的数据放文章感觉不太行,至少我没怎么见过。
MestReNova这个软件预测核磁更准,我亲测和实验的化学位移比较接近(但也有<0.5ppm的误差),但是裂分就不能准确描述了。这也是丝滑处理NMR数据的软件。容易上手,可以免费下载。如果你计算不是专业的,我想你用这个预测,比按照贴文计算NMR省事一些。虽然按照贴文计算NMR更准

复合物的NMR和单个小分子可能不一样,我怀疑画的结构式不能描述真实情况下的相互作用位点。还是需要几何优化,找到相互作用位置
活性氢的实验和预测数据通常差异很大,比如氨基羧基。实验上,活性氢可能不出峰。如果你要用这些氢说明问题,感觉会被质疑。烷基,苯环的氢是基本上测出来符合软件预测的结果。定性描述我觉得可以接受,比如AB分子结合之后,某位置H原子预计会向高场位移,说明存在XXX相互作用。但是如果定量讨论移动几个ppm,感觉不太行

30

帖子

0

威望

615

eV
积分
645

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-19 12:07:11 | 只看该作者 Only view this author
SharkYYX2025 发表于 2025-9-18 22:27
我也是研究普通有机分子,chemdraw预测的我感觉不太靠谱,就是说,定量不到具体化学位移,我感觉有时候误差 ...

感谢您的回复,对我帮助很大

52

帖子

0

威望

234

eV
积分
286

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2025-10-17 15:10:01 | 只看该作者 Only view this author
做合成出身的人表示,十分不靠谱

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 04:02 , Processed in 0.156931 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list